Theo đó, 25 gói thầu được thanh tra triển khai thực hiện từ năm 2017 đến năm 2023, do 4 đơn vị được giao làm chủ đầu tư thực hiện, gồm: Ban QLDA Giao thông và Nông nghiệp: 8 gói thầu; Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng Công trình Giao thông tỉnh: 5 gói thầu; Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng Công trình Nông nghiệp và PTNT tỉnh: 10 gói thầu; Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng khu vực TP Long Xuyên (viết tắt là Ban QLDA Long Xuyên): 2 gói thầu.
Trong đó, 3 gói thầu được thanh tra việc chấp hành pháp luật về đầu tư xây dựng, gồm: Gói thầu số 10, Gói thầu số 11 thuộc Dự án Kè chống sạt lở bờ Tây sông Hậu đoạn qua xã Quốc Thái, huyện An Phú và Gói thầu số 11 thuộc Dự án Xử lý sạt lở khẩn cấp sạt lở bờ sông Hậu đoạn qua xã Vĩnh Thạnh Trung và xã Bình Mỹ, huyện Châu Phú do Ban QLDA Giao thông và Nông nghiệp làm chủ đầu tư.
Kết luận thanh tra cũng chỉ ra rằng, chủ đầu tư được giao thực hiện các gói thầu chưa tuân thủ quy định pháp luật về đấu thầu, dẫn đến việc giao thầu cho nhà thầu không đảm bảo về năng lực, kinh nghiệm để thực hiện các gói thầu; không có hồ sơ chứng minh năng lực, kinh nghiệm; không cung cấp được hồ sơ năng lực nhà thầu; có trường hợp không thuộc tình huống khẩn cấp nhưng vẫn thực hiện chỉ định thầu; vi phạm trong việc công khai kết quả lựa chọn nhà thầu và lập, trình phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu.
Ban QLDA Giao thông và Nông nghiệp, các đơn vị có liên quan chưa tuân thủ các quy định pháp luật về xây dựng nên quá trình lập, thẩm tra, thẩm định, phê duyệt thiết kế - dự toán, thi công của 03 gói thầu được kiểm tra, dẫn đến vi phạm trong việc xác định và áp dụng định mức hao phí vật liệu cát của công tác “Đắp bao tải cát dưới nước xử lý hố xói bằng xà lan 200T….
Tổng số tiền thực hiện chưa đúng quy định: hơn 11 tỷ đồng, bao gồm: Áp dụng định mức hao phí vật liệu cát hệ số 1,22 (tạm tính): hơn 6 tỷ đồng; Thi công đoạn chuyển tiếp phía thượng lưu: hơn 880 triệu đồng; Không thực hiện lặn kiểm tra sau khi thả bao tải cát dưới nước: hơn 4,5 tỷ đồng.
Thanh tra cũng kiến nghị thu hồi hơn 4,5 tỷ đồng và làm rõ số tiền hơn 6,9 tỷ đồng từ áp dụng định mức hao phí vật liệu cát và thi công đắp bao tải cát dưới nước đoạn chuyển tiếp phía thượng lưu.
Đồng thời, chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm sang cơ quan điều tra để tiếp tục xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật gồm: Ban QLDA Giao thông và Nông nghiệp chỉ định thầu cho Công ty Nam Hào Kiệt không đảm bảo về năng lực, kinh nghiệm thực hiện 03 gói thầu sai quy định (Gói thầu số 10 và số 11 - Dự án Kè Quốc Thái và Gói thầu số 11 - Dự án Xử lý sạt lở Vĩnh Thạnh Trung và Bình Mỹ).
Quá trình thực hiện 03 gói thầu, Ban QLDA Giao thông và Nông nghiệp, đơn vị thi công (Công ty Nam Hào Kiệt và Công ty Cầu đường 10) và các đơn vị tư vấn đã vi phạm các quy định về lập, thẩm tra, thẩm định, phê duyệt dự toán; nghiệm thu, thanh toán không đúng quy định, với tổng số tiền sai phạm hơn 11,4 tỷ đồng.