Miếu Phù Châu được xây từ thời vua Gia Long cách đây hơn ba thế kỷ, miếu có diện tích khoảng 550 mét vuông, bốn bề xung quanh là sông nước. Miếu được xây gần như bao trùm trên một cồn đất nhỏ hình bàn chân nổi giữa sông Vàm Thuật.
Sự ra đời của ngôi miếu gắn với truyền thuyết về một ngư dân vớt được pho tượng được cho là tượng của bà Thủy Tế khi đánh cá. Sau đó, người dân lập miếu để thờ.
Trước năm 1975, Miếu là một điểm hành hương nổi tiếng của người dân Sài Gòn - Gia Định. Sau năm 1975, miếu gần như bị bỏ hoang. Đến năm 1989, ông Lục Câu, một người Việt gốc Hoa, bỏ tiền và vận động dân địa phương cùng trùng tu miếu.
Ngoài thờ tượng bà Thủy Tề, miếu còn thờ Phật, Thánh Mẫu, Đại Thánh Gia Gia...
Du khách muốn vãn cảnh và đi lễ miếu, bắt đầu từ chợ Gò Vấp đi theo đường Nguyễn Thái Sơn, cuối đường rẽ trái vào đường Trần Báo Giao, đi thêm vài trăm mét sẽ đến được nơi gởi xe để qua đò đi Miếu Nổi.
Không chỉ nổi tiếng linh thiêng, nơi này còn thu hút khách tham quan với kiến trúc Hoa - Việt; hàng trăm tượng rồng lớn nhỏ chạm khắc tinh xảo. Các pho tượng rồng được ốp bằng mảnh sành sứ nhiều màu sắc, sống động và tuyệt đẹp.
Miếu Phù Châu được công nhận là di tích kiến trúc cấp thành phố năm 2010.