Nguyên tắc phối hợp là tăng cường trách nhiệm của UBND cấp xã, UBND cấp huyện, Sở Xây dựng trong công tác quản lý trật tự xây dựng, đảm bảo công tác quản lý Nhà nước về trật tự xây dựng được thường xuyên, liên tục, thống nhất, đúng thẩm quyền, phát huy hiệu quả mối quan hệ phối hợp giữa các cơ quan liên quan. Công trình xây dựng trên địa bàn phải được kiểm tra thường xuyên, các vi phạm trật tự xây dựng phải được lập hồ sơ vi phạm và xử lý kịp thời. Theo quy chế, Sở Xây dựng và UBND cấp huyện cùng thực hiện việc quản lý, chỉ đạo Đội Thanh tra Xây dựng cấp huyện trong quản lý tình hình trật tự xây dựng trên địa bàn.