Theo đó, ngày 7/9/2020, Văn phòng Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương nhận được “Đơn khiếu nại khẩn cấp” của bà Lê Hoàng Diệp Thảo - Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Cà phê Hòa tan Trung Nguyên (địa chỉ: KCN Tân Đông Hiệp, phường Tân Đông Hiệp, thị xã Dĩ An, tỉnh Bình Dương).
Trong đơn này, bà Lê Hoàng Diệp Thảo bày tỏ sự không đồng tình đối với việc: Ngày 22/8/2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương đã ra Thông báo về việc tạm đình chỉ điều tra vụ án hình sự đối với vụ án “Làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại Công ty cổ phần Cà phê Hòa Tan Trung Nguyên.
Theo đó, bà Lê Hoàng Diệp Thảo cho rằng, việc Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương ra Quyết định tạm đình chỉ điều tra vụ án là không thuyết phục và đề nghị xem xét, khởi tố bị can đối với ông Nguyễn Duy Phước về tội “Làm giả và sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức”.
Sau khi nhận đơn khiếu nại của bà Lê Hoàng Diệp Thảo, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương giải quyết và trả lời bà Thảo theo quy định.
Liên quan đến vụ án này, bà Lê Hoàng Diệp Thảo từng gửi đơn đến các cơ quan chức năng tố cáo ông Nguyễn Duy Phước, Trưởng phòng pháp lý Công ty CP Tập Đoàn Trung Nguyên đã cắt ghép làm giả hồ sơ tài liệu của buổi họp Đại hội đồng cổ đông của Công ty CP Tập Đoàn Trung Nguyên ngày 26/12/2011. Từ đó sử dụng để thực hiện đăng ký thay đổi người đại diện theo pháp luật của Công ty CP Cà phê Hòa tan Trung Nguyên.
Sau đó, Phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch, Đầu tư tỉnh Bình Dương căn cứ vào các hồ sơ này để cấp Giấy chứng nhận đăng ký thay đổi lần 8 vào ngày 21/4/2016 liên quan đến việc thay đổi người đại diện theo pháp luật của Công ty Hòa Tan từ cá nhân bà Lê Hoàng Diệp Thảo sang ông Đặng Lê Nguyên Vũ.
Trong các đơn thư gửi nhiều lần sau đó đến các cơ quan chức năng, bà Thảo tố cáo thêm, tối 13/5/2016, phía Tập đoàn Trung Nguyên cử đội ngũ gần 100 người kèm theo hung khí đến trụ sở Công ty CP Cà phê hòa tan Trung Nguyên (ở Bình Dương) để đe dọa và cướp nhà máy ngay trong đêm; lấy hết toàn bộ hàng hóa thành phẩm, nguyên vật liệu, đồng thời cho chuyển phần lớn các máy móc thiết bị quan trọng đi nơi khác; hủy các giấy tờ, chứng từ sổ sách kế toán của công ty...
Từ đơn của bà Thảo, trong tháng 1 và tháng 4/2019, TAND tỉnh Bình Dương gửi văn bản trưng cầu giám định nhiều chi tiết bà Thảo tố cáo đến Viện Khoa học hình sự - Bộ Công an.
Ngày 30/1/2019 và 24/5/2019, Viện Khoa học hình sự lần lượt có văn bản phản hồi, thông báo kết quả giám định. Kết quả này cơ bản trùng khớp với những nội dung bà Thảo tố cáo.
Cuối tháng 4/2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự "Làm giả tài liệu cơ quan, tổ chức" xảy ra tại Công ty Cổ phần Cà phê Hòa tan Trung Nguyên để tiếp tục làm rõ. Quyết định này được đưa ra sau khi nhà chức trách nhận định vụ án "có dấu hiệu tội phạm".
Tuy nhiên, đến ngày 22/8/2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương đã ra Thông báo về việc tạm đình chỉ điều tra vụ án hình sự đối với vụ án “Làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại Công ty cổ phần Cà phê Hòa Tan Trung Nguyên.
