Ban Chỉ đạo thi THPT quốc gia năm 2018 đã có công văn số 2868/BGDĐT-QLCL do Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Nguyễn Hữu Độ ký, yêu cầu Ban Chỉ đạo thi quốc gia năm 2018 tỉnh Hà Giang kiểm tra, rà soát, xác minh toàn bộ các khâu của Kỳ thi và báo cáo bằng văn bản về Ban Chỉ đạo thi THPT quốc gia năm 2018 (qua Cục Quản lý chất lượng) trước ngày 17/7/2018.
Trước đó, các phương tiện thông tin đã lan truyền việc điểm thi THPT quốc gia năm 2018 của Hà Giang cao bất thường. Cụ thể, tỉ lệ thí sinh điểm cao khối A1 của Hà Giang chiếm gần 50% trên tổng số thí sinh có điểm cao của khối này trong cả nước. Trong khi Hà Giang chỉ có 5.500 thí sinh; còn thí sinh của cả nước là 925.000, gấp 170 lần.
Trên mạng xã hội cũng chỉ ra điều bất thường, ở chỗ Hà Giang có số thí sinh đạt điểm cao lại nhiều hơn số điểm thấp hơn. Chẳng hạn, Hà Giang có 50 thí sinh đạt điểm môn Toán từ 8 - 8,75 nhưng lại có tới 57 em đạt điểm 9. Môn Vật lí có 58 bài thi đạt điểm 9 trở lên, trong khi chỉ có 28 thí sinh đạt điểm từ 8 - 9.
Tuy có nhiều thí sinh đạt điểm cao nhưng tỷ lệ tốt nghiệp THPT năm nay của Hà Giang nằm trong nhóm có tỉ lệ tốt nghiệp thấp nhất cả nước, chỉ đạt 89,35% .