Theo Bộ Tài chính, nguyên tắc sắp xếp, sáp nhập Chi cục Thuế thuộc Cục Thuế tỉnh, thành phố được đảm bảo tinh gọn, hiệu quả, ổn định, không ảnh hưởng đến hiệu quả công việc, đảm bảo hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao. Bộ Tài chính sẽ chỉ xem xét tổ chức lại các Chi cục Thuế trong cùng một tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Đồng thời Bộ sẽ lưu ý tính đến các trường hợp đặc thù như: tại địa bàn trọng yếu (biên giới, hải đảo…), có lộ trình, không gây xáo trộn lớn về tổ chức, nhân sự, tâm lý, tư tưởng công chức và người lao động, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa và thực hiện tinh giản biên chế.

Về lộ trình triển khai, từ nay đến cuối năm 2020 đảm bảo mục tiêu giảm tối thiểu 50% tổng số các chi cục thuế hiện có trong toàn ngành. Cụ thể: từ nay đến cuối năm 2018 thực hiện sắp xếp lại 327 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thuộc 63 cục thuế thành 154 chi cục thuế khu vực (giảm 173 chi cục). Trong đó, thực hiện ghép 192 chi cục thuế thành 90 chi cục thuế khu vực (giảm 102 chi cục), hoàn thành trước 1/7/2018; thực hiện ghép 135 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thành 64 chi cục thuế khu vực (giảm 71 chi cục), hoàn thành trước 1/9/2018. Năm 2019 thực hiện sắp xếp lại 53 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 25 chi cục thuế khu vực (giảm 28 chi cục). Năm 2020 thực hiện sắp xếp lại 168 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 78 chi cục thuế khu vực (giảm 90 chi cục).