Theo kế hoạch, các tàu vận chuyển hàng hóa ở cảng Nha Trang hiện nay sẽ được dời sang hoạt động tại cảng Cam Ranh, còn các tàu, thuyền du lịch của các công ty lữ hành, người dân vẫn hoạt động bình thường tại bến cảng dân sinh, thuộc khu vực cảng Nha Trang. Đối với các tàu, thuyền chưa đạt chuẩn, tỉnh sẽ bố trí sang cảng mới (mở khu vực cuối khu đô thị mới An Viên). Sau lộ trình 1-3 năm nâng cấp, tàu thuyền đạt chuẩn sẽ được vào bến cảng dân sinh thuộc cảng du lịch Nha Trang đưa đón khách bình thường.