Theo Tờ trình, Dự án được triển khai đã cơ bản bám sát yêu cầu của Nghị quyết 38 về việc lựa chọn hướng tuyến; giảm thiểu việc đi qua làng mạc và khu vực có đông dân cư; hạn chế tác động xấu đến môi trường, cảnh quan, các di tích lịch sử, văn hóa, các vườn quốc gia, khu bảo tồn thiên nhiên, các công trình năng lượng, thủy lợi và các công trình, dự án quan trọng khác. Đồng thời tạo được khả năng liên kết giữa các khu đô thị, vùng dân cư, các khu công nghiệp, vùng kinh tế trọng điểm. Một số đoạn có nhu cầu cấp thiết đã được ưu tiên đầu tư trước. 1350km đã đưa vào sử dụng góp phần phát triển hạ tầng giao thông, kinh tế - xã hội, góp phần xóa đói giảm nghèo, góp phần giải quyết giao thông thông suốt. Thay đổi diện mạo địa phương nơi tuyến đường đi qua.
Để phù hợp với khả năng bố trí vốn TPCP từ nay đến năm 2016, Ủy ban KH,CN&MT nhất trí ưu tiên hoàn thiện đoạn qua Tây Nguyên (Quốc lộ 14) với số vốn khoảng 10.000 tỷ đồng. Khoảng 14.000 tỷ đồng sẽ được bố trí tiếp sau năm 2016 để hoàn thành các đoạn, tuyến còn lại. Tuy nhiên, có một số ý kiến đề nghị xem xét bố trí bổ sung 2.676 tỷ đồng còn thiếu để hoàn thiện đoạn Năm Căn - Đất Mũi vào năm 2016 vì đoạn, tuyến này nối về trung tâm huyện Ngọc Hiển là huyện cuối cùng của đất nước chưa có đường bộ và là đoạn then chốt nối thông đến đất Mũi. Đồng thời để tránh thất thoát nguồn vốn đã đầu tư dở dang vì địa chất của đoạn, tuyến này hoàn toàn là nền đất yếu và bị ảnh hưởng lớn của biến đổi khí hậu, Ủy ban KH,CN&MT đề nghị Quốc hội xem xét, quyết định. Theo Ủy ban KH,CN&MT, các đề nghị điều chỉnh Dự án là không lớn, về cơ bản vẫn bám sát chủ trương và những nội dung như Nghị quyết 38, vì vậy đề nghị Quốc hội ban hành “Nghị quyết về điều chỉnh một số nội dung và giải pháp nhằm thực hiện có hiệu quả Nghị quyết 38/2004/QH11 về chủ trương đầu tư xây dựng đường Hồ Chí Minh” Ủy ban KH,CN&MT cũng đề nghị Quốc hội giao Chính phủ chỉ đạo các Bộ, ngành và địa phương phối hợp thực hiện tốt các yêu cầu nêu trong Nghị quyết 38/2004/QH11, tập trung thực hiện một số nhiệm vụ và giải pháp. Trong đó có việc xây dựng cơ chế đặc thù và thực hiện các giải pháp cụ thể để thực hiện công tác giải phóng mặt bằng cho xây dựng và bảo đảm quỹ đất theo quy hoạch; khuyến khích đầu tư bằng hình thức hợp tác công tư PPP và huy động các nguồn vốn ngoài ngân sách để thực hiện Dự án, tổ chức thực hiện, quản lý và khai thác Dự án.