Trả lời vấn đề này, Phó Thủ tướng cho biết đây là một vấn đề được công luận rất quan tâm. Chính phủ ủng hộ mô hình tự chủ của Trường đại học Tôn Đức Thắng.
Luật Giáo dục đại học đã quy định rất rõ Hội đồng trường là cơ quan quyền lực cao nhất ở trường. Các chức danh lãnh đạo, bao gồm hiệu trưởng, do Hội đồng trường quyết và đề nghị cấp có thẩm quyền, trong trường hợp Trường đại học Tôn Đức Thắng là Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, phê chuẩn. Như vậy, trong trường hợp nếu có Hội đồng trường thì việc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam xử lý hiệu trưởng Trường đại học Tôn Đức Thắng là không đúng luật. Tuy nhiên, đây là trường hợp rất đặc thù do Hội đồng trường của Trường đại học Tôn Đức Thắng đã hết nhiệm kỳ và việc kiện toàn Hội đồng trường của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam là chậm trễ, do cả nguyên nhân chủ quan lẫn khách quan.
Đến thời điểm Ban Giám hiệu Trường đại học Tôn Đức Thắng, bao gồm Hiệu trưởng, nhận kỷ luật về mặt Đảng thì Trường đại học Tôn Đức Thắng không có Hội đồng trường. Vì vậy, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Bộ GD&ĐT, với chức năng là cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục, phải vào cuộc và trực tiếp lập 1 đoàn do một đồng chí Thứ trưởng làm trưởng đoàn và làm việc trực tiếp để làm rõ đúng, sai và có hướng dẫn. Trước hết phải thành lập lại hội đồng trường theo đúng quy định của pháp luật.
Trường đại học Tôn Đức Thắng là một mô hình tốt, là điểm sáng của giáo dục đại học và tự chủ đại học, trong đó có sự đóng góp của Đảng, Nhà nước, chính quyền TPHCM, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, tập thể cán bộ, giáo viên và ban lãnh đạo nhà trường, trong đó có Hiệu trưởng là rất đáng trân trọng, còn việc xử lý cán bộ thì phải tuân theo các quy định của Đảng, pháp luật về cán bộ, công chức, viên chức.
Tán thành với “vế trả lời thứ nhất của Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam rằng “áp dụng pháp luật của Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam là sai”, song đại biểu Lê Thanh Vân muốn trao đổi lại với Phó Thủ tướng về “vế thứ hai”. Theo đó, Phó Thủ tướng nói rằng do Hội đồng Trường Đại học Tôn Đức Thắng giải thể trước, bây giờ phải kiện toàn lại thì chỗ này không đúng. Bởi theo đại biểu Lê Thanh Vân, “Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam có quyền kỷ luật viên chức do mình quản lý, còn chức danh Hiệu trưởng Đại học Tôn Đức Thắng là phải theo luật. Tức là vế thứ nhất, Phó Thủ tướng trả lời đúng”. Do vậy, “việc làm đúng đắn của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam là chỉ có thể can thiệp vào đối tượng quản lý của mình, đó là viên chức thuộc quyền của mình; chức danh Hiệu trưởng Đại học Tôn Đức Thắng chưa có Hội đồng trường quyết định, thì Hiệu trưởng chưa bị bãi nhiệm, chưa bị cách chức”, đại biểu Lê Thanh Vân nói.
Khẳng định đây là quy định của luật, đại biểu Lê Thanh Vân đề nghị các cơ quan có đơn vị đại học trực thuộc nên tôn trọng Luật Giáo dục đại học. Tự chủ giáo dục đại học là một chủ trương tự chủ rất tiến bộ. Quốc hội vừa thông qua Luật này, chúng ta phải tôn trọng và thi hành triệt để.
Ngay sau đó, đại biểu Trần Thị Diệu Thúy (đoàn TP Hồ Chí Minh) tranh luận lại với đại biểu Lê Thanh Vân về nội dung này. Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cho rằng, các đại biểu còn có quan điểm khác nhau, đề nghị tiếp tục tranh luận trực tiếp, dành thời gian cho Quốc hội thảo luận các vấn đề quan trọng khác.
