Nguồn thông tin mà cơ quan HQ xử lý để cung cấp các dịch vụ công của Nhà nước và thực thi pháp luật là từ chuỗi cung ứng thương mại toàn cầu, từ các chủ thể tham gia vào thương mại quốc tế.
Do đó, hợp tác quốc tế về HQ có vai trò quan trọng trong việc trao đổi, chia sẻ thông tin và hỗ trợ hành chính lẫn nhau giữa các cơ quan HQ, nhằm bảo đảm thông tin mà HQ tiếp nhận là chính xác và đầy đủ, từ đó giúp cho việc xử lý hàng hóa và phương tiện HQ được nhanh chóng và tuân thủ theo các quy định của pháp luật.
Đặc biệt, trong bối cảnh hiện nay, hợp tác quốc tế trong lĩnh vực HQ có ý nghĩa quan trọng trong việc thuận lợi hóa thương mại, trong công tác đấu tranh ngăn chặn các hành vi buôn lậu, gian lận thương mại và nhất là ngăn chặn vận chuyển bất hợp pháp các chất ma túy, vũ khí, chất nổ cũng như các vi phạm pháp luật HQ khác.
Hơn nữa, hợp tác quốc tế trong lĩnh vực HQ còn là các hoạt động phối hợp chung giữa các cơ quan HQ với nhau nhằm nghiên cứu triển khai các kỹ thuật nghiệp vụ mới, trao đổi kinh nghiệm quản lý, biện pháp triển khai, định hướng phát triển. Cùng với đó, nhu cầu hợp tác hỗ trợ xây dựng năng lực giữa các cơ quan HQ được hình thành là vì mỗi một cơ quan HQ trong chuỗi cung ứng thương mại toàn cầu đều cần được nâng cao năng lực, phát triển theo hướng hiện đại hóa nhằm thực hiện tốt hơn nhiệm vụ của mỗi bên. Vì vậy, sự phối hợp, liên kết giữa các cơ quan HQ có ý nghĩa trong việc đẩy nhanh quá trình cải cách, phát triển và hiện đại hóa HQ theo các chuẩn mực chung và tiên tiến của thế giới.Nhận thức được vai trò quan trọng nói trên của hoạt động hợp tác quốc tế, thực tiễn qua hơn ba mươi năm đổi mới, HQ Việt Nam đã tham mưu đề xuất xây dựng các khuôn khổ pháp lý cần thiết và đầy đủ bao gồm các quy định về pháp luật hải quan và các điều ước, thỏa thuận quốc tế, xây dựng nguồn nhân lực có trình độ, nhờ đó đã chủ động hội nhập và tăng cường hợp tác và trợ giúp lẫn nhau trong lĩnh vực HQ với những kết quả nổi bật như sau:Thứ nhất, hoạt động hợp tác song phương của HQ Việt Nam không ngừng được duy trì phát triển và mở rộng trong khu vực Châu Á Thái Bình Dương và trên khắp thế giới, hình thành nên các kênh hợp tác và trợ giúp lẫn nhau cho các mục đích quản lý HQ. Các đối tác quan trọng của HQ Việt Nam trên thế giới như Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc, Liên Bang Nga, Hồng Kông (Trung Quốc), Lào, Campuchia, Ấn Độ, các nước ASEAN, các nước khu vực Tây Á và Trung Đông, Vương quốc Anh, Pháp, Hà Lan, Đức, Bỉ, Italia, Brazil, Achentina, Peru,...Thứ hai, hoạt động hợp tác với các nước láng giềng được chú trọng và triển khai theo các chương trình hợp tác nghiệp vụ với các nước từ cấp trung ương đến địa phương, trong đó tập trung vào các hoạt động hợp tác tạo thuận lợi thương mại, phối hợp đấu tranh phòng chống buôn lậu, vận chuyển hàng cấm qua biên giới của các Cục HQ dọc theo biên giới đất liền với Trung Quốc, Lào và Campuchia. Các cơ chế hợp tác cấp Cục HQ theo cụm giữa các Cục HQ dọc theo biên giới đất liền với các đơn vị HQ nước bạn đã được hình thành và thực hiện có hiệu quả, thường xuyên góp phần xây dựng mối quan hệ hợp tác hữu nghị hiểu biết tin cậy lẫn nhau, bảo đảm hòa bình ổn định phát triển trên các cặp cửa khẩu quan trọng giữa Việt Nam và các nước láng giềng.
Thứ ba, các hoạt động hợp tác và trợ giúp lẫn nhau đi sâu vào trọng tâm trọng điểm theo từng thế mạnh của mỗi đối tác, nhất là về trao đổi thông tin nghiệp vụ kiểm soát HQ luôn được coi là một trong những kênh thông tin hữu hiệu phục vụ cho các hoạt động nghiệp vụ về kiểm soát HQ, đồng thời cũng thể hiện vai trò trách nhiệm và cam kết của HQ Việt Nam tham gia sâu rộng vào các hoạt động hợp tác quốc tế về HQ. Các nội dung hợp tác trong đấu tranh chống buôn lậu, xác minh xuất xứ, chống gian lận xuất xứ, được tăng cường, số lượng các hoạt động năm sau cao hơn năm trước, hỗ trợ kịp thời việc giải quyết yêu cầu xử lý nghiệp vụ của các đơn vị trong các vụ việc gian lận có liên quan như lốp xe ô tô, gỗ ép, xe đạp…Thứ tư, các hoạt động hợp tác xây dựng năng lực được thúc đẩy mạnh nhất là đào tạo bồi dưỡng nguồn nhân lực. Hàng năm trung bình có hàng trăm cán bộ, công chức của HQ Việt Nam được tham gia các chương trình đào tạo bồi dưỡng ngắn hạn do các chuyên gia HQ nước ngoài như Nhật Bản, Úc, Anh, Hoa Kỳ, Hàn Quốc,... Các chương trình học bổng sau đại học, thực tập sinh ngắn hạn tại nước ngoài cũng đã được dành cho nhiều công chức HQ Việt Nam. Qua các kênh hợp tác song phương, HQ Việt Nam đã tiếp cận được thực tiễn hoạt động quản lý HQ tại các nước châu Âu, Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc,... phục vụ cho các mục tiêu cải cách xây dựng mô hình quản lý hiện đại theo các công nghệ, chuẩn mực và cam kết quốc tế. Thứ năm, tiếp cận và tranh thủ được các nguồn lực quốc tế trong việc xây dựng HQ Việt Nam thông qua các dự án viện trợ không hoàn lại, hợp tác kỹ thuật, các chương trình tài trợ trang thiết bị kiểm tra giám sát kiểm soát HQ như máy soi công ten nơ, máy rà soát soi chiếu phát hiện phóng xạ, máy ngửi ma túy, thiết bị phân tích, phân loại, xây dựng phát triển hệ thống công nghệ thông tin phục vụ thông quan hàng hóa như VNACCS/VCIS. Các đối tác tài trợ chính cho HQ Việt Nam như Nhật Bản, Hoa Kỳ, Tổ chức HQ Thế giới, Ngân hàng Thế giới, Ngân hàng Phát triển châu Á, Liên minh châu Âu,...Thứ sáu, về hội nhập quốc tế, HQ Việt Nam đã chủ động nghiên cứu và đề xuất, chủ trương đàm phán, gia nhập, ký kết nhiều được ước quốc tế đa phương để áp dụng các chuẩn mực quốc tế phổ quát về HQ như Công ước hài hòa về mô tả và mã số hàng hóa (Công ước HS), công ước Kyoto về đơn giản hóa và hài hòa hóa về thủ tục HQ; công ước Istanbul về tạm quản hàng hóa, Hiệp định Trị giá HQ, Hiệp định Tạo thuận lợi thương mại của WTO, Hiệp định HQ ASEAN, Hiệp định về cơ chế một cửa HQ ASEAN,...Bên cạnh đó, Tổng cục hải quan (TCHQ) tham gia với các bộ ngành đàm phán hình thành các nguyên tắc và sân chơi mới về thuận lợi hóa thương mại trong khuôn khổ các hiệp định thương mại tự do.Trong bối cảnh quốc tế liên quan đến thương mại quốc tế và quản lý HQ chuyển biến chuyển hết sức nhanh chóng, phức tạp và khó lường. Nhiều cam kết mới và luật chơi mới được chào mời để đàm phán thực hiện gắn liền với lợi ích quốc gia, chủ quyền kinh tế của quốc gia. Vì vậy, phát huy những kết quả đạt được trong công tác hợp tác và hội nhập quốc tế, TCHQ sẽ tiếp tục nghiên cứu, đánh giá, dự báo chính xác tình hình và nhìn nhận khách quan để bảo đảm cơ hội hội nhập và phát triển, đồng thời bảo đảm sự độc lập tự chủ trong các mối quan hệ quốc tế, bảo đảm xuyên suốt đúng định hướng chính sách và đường lối đối ngoại và hội nhập của Đảng và Nhà nước, qua đó tiếp tục xây dựng HQ Việt Nam chuyên nghiệp, hiện đại và phát triển.