Nhiều chuyên gia trong lĩnh vực TMĐT nhận định, mặc dù NĐ này quy định các hành vi cấm trong kinh doanh TMĐT nhưng lại không đưa ra được các chế tài xử phạt một cách đồng bộ sẽ gây ra lúng túng trong quá trình phát hiện, xử phạt các hành vi gian lận trong giao dịch TMĐT và khó bảo vệ quyền lợi của người tiêu dùng. Điều đó cho thấy, NĐ này tuy mới được xây dựng nhưng cũng chỉ giải quyết được khoảng 50% vấn đề mà các DN hoạt động trong lĩnh vực TMĐT đang gặp phải hiện nay.
Theo Thứ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh, mặc dù NĐ 52 mới ra đời nhưng cũng không thể kỳ vọng tất cả các vấn đề đều được đưa hết vào các quy định của NĐ mới; Những thiếu sót, bất cập của NĐ này sẽ được hoàn thiện dần trong quá trình vận dụng vào thực tế, từ đó, Bộ Công Thương có thêm cơ sở bổ sung, sửa chữa, điều chỉnh NĐ hoặc văn bản pháp quy một cách đầy đủ hơn những điều còn thiếu hay những chế tài xử lý. Hiện, Bộ Công Thương đang nghiên cứu để xây dựng quy định xử phạt và dự kiến đến cuối năm 2013 sẽ được thông qua. Và khi đi vào cuộc sống, các chế tài sẽ đủ mạnh để giúp các cơ quan Nhà nước siết chặt quản lý, đồng thời tạo môi trường thuận lợi cho các DN TMĐT chân chính phát triển.
Mặc dù vẫn còn một số bất cập nhất định nhưng sự ra đời của NĐ mới sẽ góp phần hạn chế những hành vi lợi dụng TMĐT để lừa đảo người tiêu dùng, qua đó tạo cơ sở để lĩnh vực này phát triển lành mạnh trong thời gian tới.