Để Chùa Hương là điểm đến an toàn, văn minh và thân thiện, BTC lễ hội luôn xác định công tác phòng chống dịch Covid-19 là nhiệm vụ quan trọng. Vì vậy mà ngay tại cổng vào di tích, lực lượng bảo đảm an ninh trật tự thường xuyên nhắc nhở du khách tuân thủ nghiêm thông điệp "5K" của Bộ Y tế như sử dụng nước rửa tay sát khuẩn, khai báo y tế bằng hình thức quét mã QR code hoặc điền thông tin cá nhân, đeo khẩu trang thường xuyên cũng như giữ khoảng cách khi di chuyển trong không gian di tích...
Bên cạnh đó, BTC đã thành lập 8 tiểu ban và 2 tổ kiểm tra liên ngành, bố trí lực lượng luân phiên hoạt động 24/24 giờ để phục vụ công tác phòng, chống dịch Covid-19 tại chùa Hương. Du khách hoàn thành khai báo sẽ được phát phiếu "Đã kiểm tra phòng dịch Covid-19" để tiếp tục di chuyển vào không gian di tích. Công tác tuyên truyền, vận động bằng nhiều hình thức cũng được tăng cường tại đây với hệ thống panô tấm lớn được lắp đặt dọc suối Yến và đường dẫn vào các di tích.
Ngoài ra, lực lượng chức năng cũng thường xuyên di chuyển trên suối Yến và nhiều điểm tập trung đông người khác, dùng loa nhắc nhở khách thập phương chú ý các biện pháp phòng dịch. Công tác bảo đảm an ninh trật tự, vệ sinh môi trường tại chùa Hương cũng cơ bản được thực hiện nghiêm túc, lực lượng an ninh trật tự thường xuyên túc trực cùng với nhà chùa hướng dẫn khách cách thức hành lễ bảo đảm ngắn gọn và không đứng quá gần nhau.
Còn tại khu vực suối Yến, bến Thiên Trù, đường lên động Hương Tích và các điểm di tích khác luôn sạch sẽ, với việc bố trí thuyền thường xuyên vớt rác trên suối Yến; rác thải tại khu vực cổng vào, nơi bán vé, các điểm thờ tự, bến xe... được thu gom, xử lý 2 - 3 lần/ngày. An ninh trật tự được đảm bảo, không có hiện tượng trộm cắp, móc túi. Du khách về vãn cảnh Chùa Hương luôn đánh giá cao về công tác quản lý, tổ chức lễ hội văn minh, thân thiện.