Phấn đấu đến năm 2015, 100% các cơ sở y tế tuyến Trung ương, 70% các cơ sở y tế tuyến tỉnh, 50% các cơ sở y tế tuyến huyện và 100% các cơ sở y tế tư nhân thực hiện xử lý nước thải bảo đảm tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường. 30% các cơ sở y tế còn lại ở tuyến tỉnh, 50% các cơ sở y tế còn lại ở tuyến huyện và 100% các trạm y tế, nước thải nguy hại tại các cơ sở này được xử lý ban đầu trước khi thải ra môi trường.

Đối với chất thải rắn, đến năm 2012, 100% các cơ sở y tế tuyến Trung ương và tuyến tỉnh, 70% các cơ sở y tế tuyến huyện và 100% các cơ sở y tế tư nhân thực hiện xử lý chất thải rắn bảo đảm tiêu chuẩn, quy chuẩn quốc gia về môi trường. Đề án cũng nêu rõ, không cấp phép hoạt động với các cơ sở y tế có hệ thống xử lý chất thải y tế chưa bảo đảm đạt tiêu chuẩn.