Sau khi mở rộng điều tra vụ án vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí, xảy ra tại Công ty Cao su Đắk Lắk (nay là Công ty Cổ phần Cao su Đắk Lắk), Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đắk Lắk đã ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Huỳnh Bảo Minh (con trai của ông Huỳnh Văn Khiết (đã chết), nguyên Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Cao su Đắk Lắk) về tội Tham ô tài sản và tội Rửa tiền.
Theo kết quả điều tra ban đầu, năm 2009, ông Huỳnh Văn Khiết đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo con trai Huỳnh Bảo Minh thành lập hai công ty gia đình để ký các hợp đồng môi giới bán hàng với các khách hàng truyền thống của Công ty Cao su Đắk Lắk. Qua đó, chiếm đoạt số tiền hơn 11 tỉ đồng của Công ty Cao su Đắk Lắk.
Công an xác định, ông Minh sử dụng số tiền chiếm đoạt để góp vốn, đầu tư vào các hoạt động kinh doanh nhằm mục đích rửa tiền cho số tiền bất hợp pháp nêu trên.
Trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đắk Lắk cũng đã khởi tố bị can đối với ông Văn Đức Lư, nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV cao su Đắk Lắk, ông Võ Tiến Hùng, Giám đốc Chi nhánh Công ty Cổ phần Cao su Đắk Lắk - Nhà máy chế biến chỉ thun (nguyên Trưởng Phòng Kỹ thuật kế hoạch đầu tư Công ty Cao su Đắk Lắk).
Cơ quan điều tra còn khởi tố ông Bùi Quang Ninh - Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Cao su Đắk Lắk (nguyên Kế toán trưởng Công ty Cao su Đắk Lắk) và ông Huỳnh Văn Toàn, nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Cao su Đắk Lắk (là em ruột ông Huỳnh Văn Khiết) cùng về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Trước đó, vào tháng 8/2007, UBND tỉnh Đắk Lắk cử đoàn công tác đi thực tế tại Malaysia. Mục đích của chuyến đi là để làm việc với Bộ Cao su và Viện nghiên cứu cao su Malaysia, tìm hiểu về công nghệ chế biến các sản phẩm từ mũ kem (latex foam) và công nghệ chế biến các sản phẩm từ nguyên liệu cao su sơ chế.
Tháng 9/2007, Công ty Cao su Đắk Lắk lập tờ trình xin UBND tỉnh nhập giống cây cao su từ Malaysia, được UBND tỉnh đồng ý. Đầu năm 2008, Công ty Cao su Đắk Lắk đồng ý để Công ty TNHH Cao Su Huỳnh Phước cung cấp 1,5 triệu loại cây giống cao su với đơn giá 1,2 USD/cây, thành tiền (tính cả VAT) là 1,89 triệu USD.
Trong quá trình cung ứng giống chỉ có 328.406 cây đạt yêu cầu đạt tiêu chuẩn kỹ thuật, 118.672 cây còn lại không đạt do bị hư hỏng.
Để xử lý hậu quả, vào tháng 12/2010, hai doanh nghiệp nêu trên đã họp, qua đó thống nhất: Công ty Cao su Đắk Lắk đồng ý chia sẻ rủi ro với Công ty TNHH Cao Su Huỳnh Phước với tỷ lệ 50% tổng số cây bị thiệt hại là 118.672 cây, với số tiền gần 1,4 tỉ đồng. Công ty Cao su Đắk Lắk đồng ý điều chỉnh tại phụ lục hợp đồng nhận tiếp 500.000 cây giống cao su với giá 1,5 USD/cây, thành tiền (tính cả VAT) là 787.500 USD.