Ông Phạm Quý Tiên - Chánh văn phòng UBND TP Hà Nội, cho biết năm 2016, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) qua kiểm toán 5 công ty thủy lợi trên địa bàn TP giai đoạn 2011 - 2015 đã có Kết luận số 543/TB-KTNN. Trong đó có đánh giá những mặt làm được, tồn tại, hạn chế của 5 công ty và đưa ra 1 số kiến nghị cụ thể: Kiến nghị xử lý tài chính 5 công ty với số tiền 118,7 tỷ đồng. Đồng thời kiến nghị UBND TP chỉ đạo các cơ quan chức năng nghiên cứu rà soát lại định mức, các bộ đơn giá định mức đang được áp dụng trong công tác đặt hàng thủy lợi.
Thực hiện kết luận của kiểm toán, đến thời điểm hiện nay 5 công ty đã thực hiện nộp ngân sách nhà nước và giảm trừ số tiền được cấp phát kinh phí năm sau để hoàn thành các kiến nghị của KTNN.Trên cơ sở tiếp thu các kiến nghị của KTNN, liên Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Tài chính - Lao động và Thương binh Xã hội tham mưu UBND TP phê duyệt lại định mức đơn giá tại Quyết định số 1752, về việc phê duyệt điều chỉnh đơn giá duy trì vận hành hệ thống tưới tiêu trên địa bàn TP Hà Nội.Cuối năm 2016 đơn giá định mức do UBND TP ban hành đã đảm bảo tính đúng, tính đủ chi phí cung ứng thủy lợi và đã được sự đồng thuận của các sở, ngành liên quan. Tuy nhiên qua kiểm tra xác định công tác nghiệm thu, thanh quyết toán của các đơn vị còn chậm. Điều này dẫn đến việc thanh toán tiền cho các công ty chậm, qua đó việc chi trả lương công nhân chưa đúng thời hạn. "Trách nhiệm đầu tiên thuộc về giám đốc 5 công ty trong việc tổ chức nghiệm thu, thực hiện thanh quyết toán", Chánh văn phòng UBND TP Hà Nội cho biết.Đến năm 2017, thực hiện Luật phí, lệ phí mới có hiệu lực từ 1/1/2017, sản phẩm dịch vụ công ích thủy lợi được chuyển từ danh mục phí và lệ phí sang giá dịch vụ do Nhà nước định giá. UBND TP Hà Nội đã ban hành quy định mức giá dịch vụ công ích thủy lợi bằng mức giá tối đa theo Thông tư 280. Tuy nhiên, mức giá này vẫn thấp hơn so với đơn giá năm 2016. Đây là một khó khăn làm sụt giảm nguồn thu của các công ty thủy lợi.Để tháo gỡ khó khăn cho các công ty thủy lợi, UBND TP Hà Nội đã có văn bản gửi liên Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Bộ Tài chính để xin ý kiến về việc tháo gỡ khó khăn trong việc thực hiện giá dịch vụ công ích thủy lợi. Bên cạnh đó yêu cầu các công ty thủy lợi cơ cấu lại chi tiêu ngân sách theo hướng giảm chi thường xuyên, tiết kiệm chi phí.Đặc biệt, TP đã quyết định bổ sung thêm từ ngân sách thành phố để hỗ trợ chi phí sửa chữa thường xuyên và chi phí sửa chữa thường xuyên trong đơn giá cho các công ty sử dụng, nhằm giúp các công ty thủy lợi có thêm nguồn lực để tháo gỡ khó khăn.Ngày 6/12/2017, UBND TP đã có quyết định về việc hỗ trợ này. Số kinh phí còn cần phải được thanh toán cho 5 công ty này trong 2 năm 2016, 2017 khoảng 230 tỷ đồng. Từ đó đến nay, 5 công ty thủy lợi đang xây dựng phương án đề xuất Sở Tài chính thẩm định. Liên quan đến vấn đề trên, ông Nguyễn Quốc Hội - Tổng Giám đốc Công ty Đầu tư phát triển thủy lợi sông Nhuệ cho biết, đến 14h30 chiều nay (30/1), tiền nghiệm thu đã được chuyển về công ty. Phía công ty sẽ khẩn trương chi trả tiền lương bị chậm, nợ cho người lao động.