Theo đó, sau 2 tháng thanh tra, đoàn thanh tra Bộ Y tế đã phát hiện các sản phẩm của công ty được kiểm nghiệm định kỳ nhưng chưa đầy đủ. Công ty cho rằng các loại bao gói khác nhau chứa đựng sản phẩm có cùng công thức thì chỉ kiểm nghiệm một loại bao gói là đủ.
Với sai phạm này, Pepsico Việt Nam bị xử phạt hành chính 25 triệu đồng. Đồng thời, được đoàn thanh tra hướng dẫn, công ty đã kiểm tra định kỳ bổ sung đầy đủ.Ngoài ra, theo kết luận của Thanh tra Bộ, Công ty Pepsico Việt Nam có đầy đủ Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm cho các nhà máy sản xuất thực phẩm theo quy định. Các sản phẩm do Công ty đang sản xuất, kinh doanh đã công bố sản phẩm thực phẩm theo quy định, các giấy tiếp nhận công bố hợp quy/giấy xác nhận công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm còn hiệu lực; hồ sơ công bố sản phẩm được bảo quản theo đúng yêu cầu. Nhãn của 51/51 sản phẩm của công ty đang lưu hành có nội dung phù hợp với nhãn đã công bố.Trước đó, ngày 6/9 thanh tra Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 153/QĐ-TTr thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về bảo đảm an toàn thực phẩm của Công ty TNHH Nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam.Trước Pepsico Việt Nam, vào cuối tháng 7/2016, đoàn thanh tra Bộ Y tế sau 45 ngày thanh tra tại công ty Coca-coca Việt Nam cũng đã phát hiện một số vi phạm về an toàn thực phẩm và ra quyết định xử phạt hành chính 433 triệu đồng, đồng thời thu hồi một lô sản phẩm nước uống bổ sung của công ty này.