Phương án mà Thành phố đề nghị là hầm chui nông, nhằm đảm bảo duy trì các hoạt động dân sinh trong giai đoạn trước mắt cũng như lâu dài, góp phần đảm bảo an toàn giao thông đường Nhật Tân - Sân bày Nội Bài sau khi hoàn thành, đưa vào sử dụng. Ngoài ra, UBND Thành phố cũng đề nghị Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) chỉ đạo các đơn vị liên quan kiểm tra, rà soát thiết kế toàn tuyến để đảm bảo an toàn giao thông và hạn chế các vấn đề phát sinh trong quá trình triển khai dự án, tránh điều chỉnh nhiều lần, làm ảnh hưởng đến tiến độ tổng thể của dự án. Tuyến Nhật Tân - sân bay Nội Bài có chiều dài đi qua địa bàn xã Nguyên Khê khoảng 2,9km. Hiện nay, việc giải phóng mặt bằng xây dựng đường đã cơ bản thực hiện xong và đang tổ chức thi công cầu vượt qua đường sắt Hà Nội - Lào Cai. Đoạn tuyến qua khu vực các thôn Đồng, Khê Nữ và Sơn Du có chiều dài khoảng 1,3km, đi qua phía Tây thôn Đồng và đi vào giữa hai thôn Khê Nữ và Sơn Du. Khi tuyến đường Nhật Tân - Nội Bài được đưa vào sử dụng, tuyến này sẽ chia cắt các khu dân cư làng xóm hiện có với nhau và với các khu đất sản xuất nông nghiệp của địa phương. Hiện nay, để giải quyết việc duy trì giao thông trên tuyến đường liên xã, thiết kế dự án đã bố trí cầu vượt tại KM2+497, cách tuyến đường liên xã Nguyên Khê – Bắc Hồng hiện nay khoảng 217m về phái nam, với bề rộng cầu là 12m. Tuy nhiên, theo báo cáo của UBND huyện Đông Anh và UBND xã Nguyên Khê, việc đi lại giữa các thôn với nhau và giữa các thôn với khoảng 40ha đất canh tác sẽ phải đi vòng xa thêm khoảng 2,5km thông qua tuyến cầu vượt nói trên. Mặt khác, việc đưa các phương tiện, công cụ vật nuôi phục vụ sản xuất nông nghiệp như trâu bò, xe thồ, xe kéo nông sản, cày bừa qua cầu vượt cũng sẽ gây mất quỹ quan và bất tiện. UBND huyện Đông Anh đã đề nghị bổ sung hầm chui dân sinh tại 2 vị trí KM2+200 và KM3+200 vào dự án đầu tư xây dựng tuyến đường nối cầu Nhật Tân – Nội Bài. Tuy nhiên, căn cứ vào quy hoạch, Sở Quy hoạch - Kiến trúc cho rằng nên làm hầm chui dân sinh chôn nông nối hai đường gom đô thị ngay tại vị trí tuyến đường Nguyên Khê hiện nay (khoảng KM2+700 – KM2+800). Chiều cao thông thủy của hầm này dự kiến khoảng 2,5m.