Theo thông tin ban đầu, vụ tai nạn xảy ra khoảng 15h30 ngày 17/3. Vào thời điểm trên, ông Hà Minh Chí (80 tuổi, trú tại xã Gia Sinh, huyện Gia Viễn, tỉnh Ninh Bình) điều khiển xe máy mang BKS: 35H3-6217 chở theo vợ là bà Ngô Thị Xuân (80 tuổi) lưu thông từ hướng Ninh Bình ra Nam Định dọc theo quốc lộ 10.

Đến km 109 + 300 theo lý trình đường sắt, ông Hà Minh Chí điều khiển xe máy rẽ vào xã Yên Bằng (huyện Ý Yên, Nam Định) nhưng không quan sát nên đã bị tàu chở khách số hiệu SE35 chạy hướng Bắc - Nam đâm trực diện.

Cú tông mạnh khiến xe máy bị văng xa hàng chục mét, 2 nạn nhân tử vong ngay sau đó. Tàu khách sau khoảng 15 phút lập biên bản vụ việc đã tiếp tục cuộc hành trình.

Nguyên nhân ban đầu được xác định do người điều khiển xe máy không quan sát có tàu đến khi vượt đường sắt. Đáng chú ý, điểm giao cắt giữa đường sắt và đường ngang dân sinh này không có barie mà chỉ có biển báo "chú ý tàu hỏa".