Trong đơn đề nghị điều tra về việc 11 trẻ em "biến mất" tại chùa Bồ Đề do ông Nguyễn V.L., bà Nguyễn Thị B.N. và bà Lý Thúy Q. trình báo khẳng định, có các bằng chứng về sự "biến mất" khó hiểu của một số bé được nuôi dưỡng tại chùa Bồ Đề trong khoảng thời gian từ tháng 8/2007 - 2012. Đây là những thiện nguyện viên đã tham gia từ thiện thường xuyên tại chùa Bồ Đề trong thời gian từ năm 2007 - 2012, nhưng do vấn đề cá nhân và thấy nhiều dấu hiệu nghi vấn nên đã không sang chùa Bồ Đề nữa. Một số thiện nguyện viên cho biết, vào tháng 7/2014, khi quay lại chùa Bồ Đề đã phát hiện sự vắng mặt một số cháu mà trước đây từng chăm sóc, giúp đỡ. Sau khi tiếp nhận đơn, cơ quan chức năng đã vào cuộc để xác minh nguồn đơn, điều tra, làm rõ những nội dung trong đơn. Để mở rộng điều tra, cơ quan công an đã mời sư thầy Thích Đàm Lan - Trụ trì chùa Bồ Đề và nhiều người liên quan để lấy lời khai.