Theo Bộ Xây dựng, việc đầu tư xây dựng trụ sở mới thuộc thẩm quyền quyết định đầu tư của Bộ GTVT. Do hình thức đầu tư là mua bán trụ sở nên Bộ GTVT ủy quyền thực hiện tổ chức lập, phê duyệt dự án đầu tư xây dựng. Theo quy định tại Nghị định số 64/2012/NĐ-CP của Chính phủ về cấp giấy phép xây dựng thì công trình trụ sở mới của Bộ GTVT thuộc đối tượng không yêu cầu có giấy phép xây dựng. Trước khi khởi công xây dựng, chủ đầu tư gửi các hồ sơ liên quan đến cơ quan quản lý hoạt động xây dựng tại địa phương theo quy định. Năm 2011, Chính phủ đã đồng ý về chủ trương đầu tư với các nội dung: Đồng ý về nguyên tắc trong việc chuyển đổi hình thức đầu tư trụ sở làm việc từ hình thức BT sang mua bán trụ sở làm việc, đồng ý để Bộ GTVT được bán chỉ định tài sản trên đất và quyền sử dụng đất tại số 80 Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội để lấy kinh phí đầu tư trụ sở mới.
