Nghị định 60/NĐ-CP gồm 4 chương 45 điều, đã bổ sung, sửa đổi các quy định về hành vi vi phạm và các quy định khác chưa rõ ràng hoặc còn thiếu, hoặc chưa chính xác trong Nghị định số 09/2005/NĐ-CP. Đã có 41/45 điều được sửa đổi, sắp xếp lại, bổ sung; tăng mức phạt đối với những hành vi là nguyên nhân trực tiếp gây tai nạn giao thông; đồng thời, Nghị định tách riêng giữa hình thức xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả. Với việc đưa Nghị định 60/2011/NĐ-CP vào thực thi, những hành vi là nguyên nhân trực tiếp gây tai nạn giao thông đường thủy như vi phạm nghiêm trọng quy định về bảo vệ công trình thuộc kết cấu hạ tầng giao thông, vi phạm quy định về quy tắc giao thông... sẽ bị tăng nặng mức phạt. Các phương tiện vi phạm quy định về vận chuyển người, hành khách bị xử phạt tiền cao gấp đôi so với trước. Hành vi đua phương tiện trái phép bị phạt tiền từ 20-30 triệu đồng, tăng gấp 3-4 lần so với quy định cũ. Điều khiển phương tiện lạng lách gây mất an toàn, chạy tạo sóng lớn gây tổn hại đến công trình giao thông, chạy với tốc độ lớn gây mất an toàn cho phương tiện khác bị phạt từ 3-5 triệu đồng/hành vi. Thuyền trưởng điều khiển phương tiện không tuân theo báo hiệu thông báo hạn chế về chiều cao, chiều sâu, chiều rộng, gây tai nạn giao thông, ùn tắc giao thông hoặc làm hư hại đến các công trình trên đường thủy nội địa, bị phạt từ 5-7 triệu đồng. Tổ chức đua phương tiện khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền bị phạt tiền từ 30-40 triệu đồng. Nghị định cũng quy định người sử dụng phương tiện không có bảo hiểm bắt buộc trách nhiệm dân sự theo quy định sẽ bị xử phạt từ 50.000-200.000 đồng; xả chất thải không đúng nơi quy định hoặc gây ô nhiễm môi trường trong vùng nước cảng, bến thủy nội địa bị phạt từ 6-7 triệu đồng; tước quyền sử dụng bằng thuyền trưởng, chứng chỉ lái phương tiện từ một đến hai tháng đối với phương tiện vận tải hành khách ngang sông chở vượt đến 50% số người được phép. Đây là những quy định hoàn toàn mới so với Nghị định cũ. Sau hơn 6 năm thực hiện, Nghị định 09/2005/NĐ-CP đã có tác dụng thiết thực trong việc ngăn chặn, đẩy lùi vi phạm pháp luật giao thông đường thủy nội địa, nâng cao ý thức chấp hành Luật Giao thông đường thủy nội địa và góp phần vào việc kiềm chế tai nạn giao thông. Song với sự gia tăng số lượng phương tiện có trọng tải lớn, việc tổ chức thực hiện Nghị định này trong thời gian qua gặp nhiều vướng mắc do một số quy định chưa thật sát với thực tế, như quy định việc phân loại phương tiện để áp dụng mức xử phạt cho mỗi hành vi vi phạm với biên độ quá lớn, cùng một vi phạm mức tiền phạt áp dụng đối với người điều khiển phương tiện có trọng tải toàn phần 160 tấn cũng như người điều khiển phương tiện trọng tải toàn phần 500 tấn; tiền phạt đối với một số hành vi còn thấp, chưa tương ứng với tính chất, mức độ vi phạm./.
