Trong đó, vấn đề tu bổ, tôn tạo và bảo vệ di tích được đặc biệt quan tâm khi rất nhiều di tích đã xuống cấp trầm trọng, nhưng vẫn trong thời gian chờ tu bổ.
Theo thống kê, Hà Nội đứng đầu cả nước về số lượng với 5.175 di tích, trong đó 2.119 di tích đã được xếp hạng. Tính từ khi Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản văn hóa năm 2009 có hiệu lực (năm 2010) đến nay, từ các nguồn TP đã đầu tư tu bổ, tôn tạo 675 di tích. Trung bình, mỗi năm Hà Nội đã đầu tư khoảng 1.000 tỷ đồng cho việc tôn tạo, trong đó gần 50% là từ nguồn ngân sách và từ Chương trình mục tiêu quốc gia. Tuy nhiên, với số lượng di tích lớn nên vẫn khó đáp ứng được nhu cầu thực. Năm 2013, theo báo cáo đề xuất của chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2013 - 2015, số lượng di tích hiện xuống cấp nặng đang chờ được tu bổ là gần 600 di tích. Cùng với đó là quy trình xin cấp phép được tu bổ với các di tích được xếp hạng, di tích đặc biệt quá nhiều thủ tục, nhận thức và sự quản lý chưa sát sao nên thực tế vẫn xảy ra hiện tượng thay mới cấu kiện kiến trúc, thậm chí làm biến đổi hình thức kiến trúc.
Đình Chu Quyến, huyện Ba Vì, Hà Nội là một điển hình trong công tác trùng tu, tôn tạo di tích.
Việc khoanh vùng khu vực bảo vệ I cũng đang là một khó khăn với nhiều quận, huyện khi nguồn kinh phí thực hiện hạn chế. Tính từ năm 2010 đến nay, TP mới khoanh vùng cho 28 di tích đã được xếp hạng. Trong khi đó, mặc dù TP đã di chuyển hàng trăm hộ dân ra khỏi khu vực bảo vệ của di tích, nhưng các vi phạm phần lớn do lịch sử để lại, nên việc giải phóng mặt bằng, cắm mốc giới vẫn lúng túng, kế hoạch tổng thể cũng chưa được xây dựng. Đây cũng là vấn đề đoàn giám sát đề xuất TP tìm ra cơ chế để đẩy nhanh tiến độ thực hiện. Lãnh đạo Sở VHTT&DL Hà Nội đề xuất, TP nên nghiên cứu để giao cho Sở TNMT là cơ quan chủ trì việc cắm mốc giới, cấp sổ đỏ cho các di tích sẽ thuận lợi hơn là giao toàn quyền cho các địa phương. Phó Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thị Bích Ngọc nhận định: Hà Nội đã thực hiện Luật Di sản văn hóa với trách nhiệm rất cao. TP đã ban hành Quy hoạch phát triển văn hóa Hà Nội với những mục tiêu rất rõ ràng cho từng giai đoạn về tu bổ và khoanh vùng di sản. Việc tăng cường kiểm tra và phân cấp cũng được thực hiện. Tuy nhiên, do số lượng di tích lớn, việc quản lý của các cấp vẫn chưa sát sao, dẫn đến có nhiều vi phạm xảy ra, phải giải quyết sửa chữa như chùa Trăm Gian là một ví dụ. Phó Chủ tịch UBND TP cho rằng: Ngoài trách nhiệm của chính quyền địa phương, nhận thức của người dân, còn một nguyên nhân là thủ tục hành chính cho việc cấp phép tôn tạo quá nhiều công đoạn. Do đó, TP đề xuất được cùng Bộ VHTT&DL rà soát lại toàn bộ quy trình thủ tục cấp phép tu bổ, để từ đó tìm ra một phương án hợp lý nhất. Cùng với đó, ngân sách T.Ư nên có sự đầu tư hợp lý hơn với các di tích cấp quốc gia trên địa bàn, để giảm gánh nặng cho TP.
Trưởng đoàn giám sát Lê Như Tiến cũng đề nghị: Ngoài vốn chương trình mục tiêu quốc gia, TP nên nghiên cứu có thể vận dụng ngân sách địa phương, đặc biệt huy động được nguồn xã hội hóa từ các doanh nghiệp, tổ chức cho tu bổ, tôn tạo di tích đã xuống cấp quá nghiêm trọng.
