Riêng trường THPT chuyên Hà Nội Amsterdam có học sinh lớp 10 giành giải Nhất là Phạm Nam Khánh. Trước đó, trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia của TP Hà Nội, tuy là học sinh lớp 10 nhưng Phạm Nam Khánh đã trở thành thí sinh có số điểm cao nhất. Em Đào Vũ Quang (lớp 12 chuyên Toán, THPT chuyên Hà Nội Amsterdam) cũng giành giải Nhất môn Toán với tổng điểm 33/40.
Sau Hà Nội là Hải Phòng với 97 học sinh giành giải trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia năm 2016, tỉnh Nghệ An có 85 học sinh, tỉnh Nam Định có 72 học sinh giành được giải.
Cũng theo kết quả kỳ thi, cả nước có 6 học sinh giành giải Nhất học sinh giỏi quốc gia môn Lịch sử đều là nữ. Cụ thể, Bắc Giang có 3 học sinh giành giải Nhất. Trong đó, em Ong Thị Thương học sinh lớp 12 Trường THPT chuyên Bắc Giang giành giải Nhất với 17,75 điểm. Đây cũng là học sinh có điểm số cao nhất cả nước ở môn thi này. Tất cả các học sinh còn lại giành giải Nhất đều có điểm số 17,50.