Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Phó thủ tướng Vũ Đức Đam tại Văn bản số 3439/VPCP-CN ngày 25/5/2021, UBND TP Hà Nội đã giao các cơ quan chuyên môn rà soát, nghiên cứu và tiếp thu ý kiến của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đặc biệt tập chung nghiên cứu các phương án điều chỉnh hướng tuyến, vị trí ga C9 theo nguyên tắc đảm bảo an toàn chạy tàu, hạn chế tối đa ảnh hưởng đến khu dân cư và phố cổ và đảm bảo an toàn tuyệt đối cho di tích lịch sử quốc gia, đặc biệt là hồ Hoàn Kiếm.

Qua quá trình nghiên cứu, chọn lọc kỹ lưỡng và thận trọng UBND TP Hà Nội xác định 3 phương án quy hoạch tổng mặt bằng ga ngầm C9.

Cụ thể, đối với phương án 1, ga ngầm C9 được điều chỉnh thành ga xếp chồng 4 tầng có kết cấu thân ga trùng với ranh giới vùng bảo vệ II, dài 202,4m, rộng 15m, sâu khoảng 31m, một phần ke ga và thân nhà ga nằm trong đường cong bán kính R = 800m, bên dưới đường Đinh Tiên Hoàng phía trước Tổng Công ty Điện lực Hà Nội và Trụ sở HĐND-UBND TP Hà Nội; chiếm dụng khoảng 25m2 đất trụ sở UBND TP để đảm bảo thi công, kết cấu ga cách tòa nhà gần nhất khoảng 3m;

Phương án 2, Hà Nội đề xuất giữ nguyên như phương án ban đầu đã đề xuất phê duyệt. Ga ngầm C9 sẽ được bố trí tại phía trước Tổng Công ty Điện lực Hà Nội, nằm ngầm dưới đường Đinh Tiên Hoàng và vườn hoa Bờ hồ Hoàn Kiếm, đỉnh ga cách mặt đất khoảng 2,5m.

Đối với phương án 3 Hà Nội đưa ra ý kiến bỏ ga ngầm C9 (hoặc có thể xem xét xây dựng trong tương lai). Do đoạn tuyến từ C8 đến C10 dài khoảng 2,6 km nên để đảm bảo an toàn khi vận hành, khai thác... trong cả 2 trường hợp này đều bắt buộc phải có tháp thông gió và lối thoát hiểm cho hành khách khi xảy ra trường hợp khẩn cấp tại khoảng giữa đoạn hầm từ ga C8 đến ga C10, các hạng mục này sẽ được xây dựng sau khi hoàn thành thi công tuyến hầm.

Để đảm bảo không xâm phạm Vùng bảo vệ II của di tích Hồ Hoàn Kiếm, tư vấn bố trí giếng thông gió/thoát hiểm (ngầm) tại ngã ba giao giữa phố Hồ Hoàn Kiếm và Đinh Tiên Hoàng, kích thước 22,4m x 16m, chiều dài hầm từ Giếng đến ga C8 và C10 lần lượt là 1.149m và 1.112m, được trang bị cầu thang, Quạt thông gió hầm, Trung tâm điều khiển động cơ. Đối với phương án này, cần giải phóng mặt bằng khoảng 19m2 phục vụ thi công (chi phí bồi thường khoảng 37 tỷ đồng). Vị trí cửa thoát hiểm và tháp thông gió nằm trên phần đường và dải phân cách (đoạn đường đôi Đinh Tiên Hoàng) hiện nay đang được sử dụng làm bãi đỗ xe, kích thước khoảng 5,65m x 15m, cao khoảng 5m nằm ngoài khu vực bảo vệ II.

UBND TP Hà Nội cho rằng, trường hợp xây dựng ga C9 sau khi tuyến đã đi vào vận hành khai thác là hết sức khó khăn, phức tạp về kỹ thuật, về đảm bảo an toàn hành khách, chi phí xây dựng, thiết bị tăng cao (khoảng 1.200 tỷ đồng) và thời gian thi công kéo dài.