UBND TP Hà Nội đã ban hành Quyết định 1836/QĐ-UBND, phê duyệt nhiệm vụ quy hoạch chi tiết Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, tỷ lệ 1/500.
Khu vực nghiên cứu quy hoạch chi tiết bảo tàng này là hơn 38ha, thuộc địa phận các xã: Ngọc Liệp, Liệp Tuyết, Ngọc Mỹ (huyện Quốc Oai), cách trung tâm TP Hà Nội khoảng 29km về phía Tây.
Đây là bảo tàng cấp I (cấp quốc gia) đầu hệ trong hệ thống bảo tàng thiên nhiên ở Việt Nam (theo Quyết định 86/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch tổng thể Hệ thống Bảo tàng Thiên nhiên ở Việt Nam đến năm 2020).
Khu đất nghiên cứu lập quy hoạch đề xuất bao gồm các khu chức năng chính: Khu trưng bày trong nhà; khu dành cho bộ sưu tập mẫu vật quốc gia; trung tâm nghiên cứu và văn phòng; khu trưng bày kết hợp học tập; hệ thống mặt nước hồ điều hòa và kênh dẫn; công viên đá, khu vườn địa chất...
Hiện Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam đang được bố trí tạm trong khuôn viên Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam tại địa chỉ số 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu Giấy Hà Nội. Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam được mở cửa từ năm 2014, là bảo tàng cấp quốc gia, đứng đầu trong hệ thống bảo tàng thiên nhiên ở Việt Nam.
