Theo Quyết định số 12, cơ cấu tổ chức của Sở NN&PTNT Hà Nội sẽ gồm: 01 Giám đốc và không quá 4 Phó Giám đốc. Sở sẽ có 6 phòng tham mưu, tổng hợp, chuyên môn, nghiệp vụ; 6 đơn vị sự nghiệp và 7 Chi cục trực thuộc.
Đáng chú ý, UBND TP Hà Nội quyết định sắp xếp lại cơ cấu tổ chức một số đơn vị trực thuộc Sở NN&PTNT Hà Nội. Cụ thể, hợp nhất Chi cục Phòng, chống thiên tai và Chi cục Thủy lợi để thành lập Chi cục Thủy lợi và Phòng chống thiên tai. Trung tâm Phát triển nông nghiệp Hà Nội và Trung tâm Khuyến nông Hà Nội sẽ hợp nhất thành Trung tâm Khuyến nông và phát triển nông nghiệp công nghệ cao Hà Nội.
Ngoài ra, 2 Ban Duy tu các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn và Ban Quản lý và dịch vụ thủy lợi cũng sẽ sáp nhập để trở thành một đơn vị mang tên: Ban Quản lý và duy tu các công trình nông nghiệp, nông thôn Hà Nội.
Giám đốc Sở NN&PTNT có trách nhiệm chủ động phối hợp với Sở Nội vụ và các cơ quan, đơn vị có liên quan xây dựng đề án và trình UBND TP Hà Nội các quyết định sắp xếp tổ chức bộ máy theo đúng quy định.
Quyết định số 12/QĐ-UBND có hiệu lực thi hành kể từ ngày 27/3/2022.