Trong vụ án xảy ra tại Tập đoàn Phúc Sơn, ông Ngô Đức Vượng (cựu Bí thư Tỉnh ủy Phú Thọ) và ông Nguyễn Doãn Khánh (cựu Chủ tịch tỉnh, cựu Bí thư tỉnh) cùng bị cáo buộc lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Theo kết luận, đầu năm 2009, ông Nguyễn Tiến Khôi, Giám đốc Khu di tích lịch sử Đền Hùng, giới thiệu Nguyễn Văn Hậu (tức Hậu "Pháo"), Chủ tịch Tập đoàn Phúc Sơn, với lãnh đạo tỉnh Phú Thọ.
Sau cuộc gặp, các ông Vượng và Khánh đồng ý cho Tập đoàn Phúc Sơn được tham gia thi công các gói thầu tại Khu di tích lịch sử Đền Hùng gồm bãi đỗ xe số 2, đường trục hành lễ, nhà làm việc, nhà đón tiếp; tổng trị giá 265 tỷ đồng.
Tập đoàn Phúc Sơn sau đó cấu kết với cán bộ tỉnh Phú Thọ để vi phạm đấu thầu rồi được trúng thầu. Tuy nhiên, doanh nghiệp này không thi công mà bán lại cho các công ty khác, yêu cầu họ trích lại hơn 17,4 tỷ đồng tiền "phần trăm khối lượng".
Ngoài ra, Hậu "Pháo" còn yêu cầu các đơn vị cung cấp vật liệu cắt lại hơn 16 tỷ đồng tiền chênh lệch vật tư. Qua đó, Tập đoàn Phúc Sơn và Nguyễn Văn Hậu hưởng lợi bất chính hơn 33,5 tỷ đồng.
Sau dự án trên, Hậu còn gặp ông Nguyễn Doãn Khánh, xin được thực hiện Dự án hệ thống cấp nước và phòng cháy, chữa cháy rừng tại Khu di tích Đền Hùng. Ông Khánh đồng ý nên chỉ đạo cấp dưới tạo điều kiện cho Phúc Sơn trúng thầu, giá hơn 97 tỷ đồng.
Cũng như lần trước, Tập đoàn Phúc Sơn giao gói thầu này cho công ty khác thi công, yêu cầu cắt lại 21 tỷ đồng tiền phần trăm khối lượng; đơn vị cung cấp vật liệu xây dựng trích 132 triệu đồng tiền chênh lệch vật tư.
Kết luận điều tra cáo buộc, ông Ngô Đức Vượng và ông Nguyễn Doãn Khánh tuy không thỏa thuận trước việc nhận tiền với Hậu, nhưng lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để tác động, chỉ đạo tạo điều kiện cho Tập đoàn Phúc Sơn được trúng thầu thi công các gói thầu bằng hình thức chỉ định thầu.
Đổi lại, vào các dịp lễ Tết năm 2009 và 2010, Nguyễn Văn Hậu 4 lần đến phòng làm việc của ông Ngô Đức Vượng biếu quà, tổng số tiền 500 triệu đồng.
Với ông Nguyễn Doãn Khánh, điều tra xác định vào các dịp lễ Tết từ 2009-2012 được Hậu "Pháo" đến phòng làm việc, biếu quà tổng số 1,5 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra cáo buộc hành vi của ông Vượng gây thiệt hại tài sản Nhà nước 33,4 tỷ đồng, hành vi của ông Khánh gây thiệt hại 55 tỷ đồng.
