Cụ thể, hệ thống tổ chức của Cảnh sát biển Việt Nam gồm:

1. Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam;

2. Các đơn vị trực thuộc Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam:

a) Các Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 1, 2, 3, 4;

b) Các Đoàn Đặc nhiệm phòng chống tội phạm ma túy số 1, 2, 3, 4;

c) Các Đoàn Trinh sát số 1, 2;

d) Trung tâm Đào tạo và Bồi dưỡng nghiệp vụ Cảnh sát biển.

3. Các cơ quan, đơn vị đầu mối và cấp cơ sở trực thuộc các đơn vị trên.

Cơ quan Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam gồm Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Nghiệp vụ và Pháp luật, Cục Hậu Cần, Cục Kỹ thuật, các cơ quan trực thuộc Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam.

Cảnh sát viên, Trinh sát viên và Cán bộ điều tra là chức danh pháp lý của cảnh sát biển Việt Nam, có nhiệm vụ phòng ngừa, ngăn chặn, phát hiện và đấu tranh phòng, chống tội phạm, vi phạm pháp luật.

Cảnh sát viên, Trinh sát viên Cảnh sát biển gồm: Cảnh sát viên, Trinh sát viên sơ cấp; Cảnh sát viên, Trinh sát trung cấp; Cảnh sát viên, Trinh sát viên cao cấp.

Bộ Quốc phòng quy định điều kiện, tiêu chuẩn, trình tự, thủ tục bổ nhiệm, miễn nhiệm cách chức và Mẫu giấy chứng nhận Cảnh sát viên, Trinh sát viên của Cảnh sát biển Việt Nam.

Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Cảnh sát viên, Trinh sát viên; cấp, thu hồi và quy định việc quản lý, sử dụng Giấy chứng nhận Cảnh sát viên, Trinh sát viên của Cảnh sát biển Việt Nam.

Cán bộ điều tra thuộc Cảnh sát biển Việt Nam khi được phân công điều tra vụ án hình sự theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự, Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự phải chịu trách nhiệm trước pháp luật và Thủ trưởng đã ra quyết định phân công về việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của mình.

Cán bộ, chiến sĩ Cảnh sát biển Việt Nam được hưởng lương theo ngạch, bậc, chức vụ, chế độ trợ cấp; được hưởng chế độ phụ cấp thâm niên vượt khung, phụ cấp kiêm nhiệm chức danh lãnh đạo, phụ cấp khu vực, phụ cấp đặc biệt, phụ cấp thu hút, phụ cấp lưu động, phụ cấp độc hại nguy hiểm, phụ cấp thâm niên nghề, phụ cấp trách nhiệm theo nghề, phụ cấp trách nhiệm công việc, phụ cấp phục vụ quốc phòng an ninh, phụ cấp công tác lâu năm ở trên tàu, biển, đảo, phụ cấp ngày đi biển, phụ cấp đặc thù đi biển phù hợp với khu vực địa bàn vùng biển, đảo công tác, yêu cầu nhiệm vụ và chế độ, chính sách khác như cán bộ, chiến sĩ lực lượng vũ trang và cán bộ, công chức, viên chức có cùng điều kiện, môi trường làm việc, khu vực địa bàn, biển đảo công tác theo quy định của pháp luật.