Theo kết quả xác minh ban đầu sau khi sự việc xảy ra, UBND xã Minh Phú đã chỉ đạo Công an xã cấp báo cơ quan PCCC của huyện, tổ chức các lực lượng công an, dân quân, đơn vị quân đội đóng trên địa bàn và nhân dân tiến hành dập lửa, đồng thời tổ chức di chuyển đồ đặc trong chùa ra ngoài.
Tuy nhiên, do chùa chủ yếu được làm bằng chất liệu gỗ nên ngọn lửa bén nhanh và bùng cháy dữ dội. Lực lượng của địa phương chỉ khống chế được đám cháy, chống lây lan sang các khu vực lân cận. Khoảng 20 phút sau, xe của lực lượng Phòng cảnh sát PCCC mới tiếp cận xử lý dập tắt đám cháy.
Đến 18 giờ cùng ngày (2/4/2019) đám cháy được dập tắt hoàn toàn. Sau khi phối hợp làm các thủ tục theo quy định, chính quyền địa phương đã bố trí việc chăm sóc những người trong chùa, cắt cử lực lượng tiếp ứng trực để đề phòng ngọn lửa tiếp tục bùng phát và bảo vệ hiện trường.
Vụ họa hoạn không gây thiệt hại về người, tuy nhiên toàn bộ chùa với diện tích khoảng 120m2, xây dựng năm 2003 gồm dãy nhà 3 gian cùng toàn bộ tài sản và đồ bài trí tại chùa đã bị thiêu rụi hoàn toàn. Tổng trị giá thiệt hại khoảng 700 triệu đồng.
Hiện nay, UBND huyện Sóc Sơn đang chỉ đạo UBND xã Minh Phú cử cán bộ cùng với nhân dân tạm thời bảo quản những đồ thờ còn lại. Vận động nhân đân trong thôn, các nhà hảo tâm, các cơ quan, DN ủng hộ tiền, nguyên vật liệu để xây dựng lại chùa (hiện nay công tác này đang được tiến hành).
Cũng theo văn bản Sở VHTT Hà Nội cũng đề xuất UBND TP giảo UBND huyện Sóc Sơn thực hiện các biện pháp đảm bảo vệ sinh môi trường ngay sau khi cơ quan chức năng hoàn thiện hồ sơ cháy. Tổ chức kiểm tra, đánh giá mức độ ảnh hưởng của vụ cháy đối với di tích và lập thành bien bản làm việc. Tiếp tục chỉ đạo các đơn vị liên quan tăng cường công tác đảm bảo an ninh trật tự trên địa bàn nói chung và tịa khu vực chùa Thanh Sơn nói riêng, điều tra xác minh làm rõ vụ việc, đề xuất phương án giải quyết.
Triển khai các biện pháp khắc phục hậu quả nhằm ổn định tình hình liên quan đến sinh hoạt tín ngưỡng tôn giáo tại di tích và địa phương. Tổ chức kiểm tra, hướng dẫn, tuyên truyền các tổ chức, cá nhân, tiểu ban quản lý di tích trong công tác tu bổ, tôn tạo, phục hồi di tích theo quy định của Luật Di sản văn háo và quy định hiện hành của Pháp luật và TP.
Trước đó, vào khoảng 12h ngày 2/4/2019, di tích chùa Thanh Sơn đã xảy ra hiện tượng cháy. Theo trụ trì chùa Thanh Sơn, ngày 2/4 nhà chùa sau khi nấu cơm xong đã khóa kín cửa, trong chùa chỉ để 2 chiếc đèn dầu. Được biết, di tích chùa Thanh Sơn chưa được xếp hạng nhưng nằm trong danh mục kiểm kê di tích huyện Sóc Sơn, hiện do UBND huyện Sóc Sơn quản lý theo phân cấp của UBND TP Hà Nội.