Do ảnh hưởng của cơn bão Nepartak trong ngày 7 và 8/7, Tổng công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines) đã phát đi thông báo điều chỉnh kế hoạch bay giữa Việt Nam (Hà Nội, TP Hồ Chí Minh) và Đài Loan (Đài Bắc, Cao Hùng) để đảm bảo an toàn trong khai thác. Lịch thay đổi cụ thể như sau: Ngày 7/7: không khai thác 4 chuyến bay VN578, VN570, VN586, VN580 từ Hà Nội, TP Hồ Chí Minh đi Đài Bắc, Cao Hùng. Ngày 8/7: không khai thác 6 chuyến bay trong đó: 5 chuyến VN579, VN571, VN587, VN581, VN583 từ Đài Bắc, Cao Hùng đi Hà Nội, Tp. Hồ Chí Minh và 1 chuyến VN582 từ TP Hồ Chí Minh đi Cao Hùng.
Ngoài ra, 4 chuyến bay giữa Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và Đài Bắc (VN570, VN576, VN577, VN578) và 2 chuyến bay giữa Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và Cao Hùng (VN580, VN586) cũng đang được xem xét kế hoạch khai thác trên cơ sở diễn biến thực tế của bão. Dự kiến, đến ngày 9/7, các chuyến bay giữa Việt Nam và Đài Loan sẽ trở lại khai thác bình thường. Nhằm chủ động lịch trình đi lại, Vietnam Airlines đề nghị hành khách có hành trình nối chuyến qua Đài Loan và hành khách đến/đi từ Đài Loan trong thời gian này nên thường xuyên cập nhật tình hình thời tiết và liên lạc với phòng vé, đại lý chính thức của Vietnam Airlines để đổi ngày bay nếu có nhu cầu. Để biết thêm thông tin, hành khách có thể liên hệ các phòng vé, đại lý của hãng trên toàn quốc hoặc số điện thoại: Hà Nội – 04 38320320; Tp HCM – 08 38320320; Đà Nẵng – 0511 3832320 cũng như đại diện Vietnam Airlines tại Đài Loan: Đài Bắc +88.69229.25239, +88.69388.60103, Cao Hùng +88.69228.36267. Ngoài ra, hãng hàng không Vietjet cũng đã hủy các chuyến bay đi và đến Đài Loan ngày 7/7 gồm VJ858/859 hành trình Thành phố Hồ Chí Minh đi Đài Nam và ngược lại; VJ842/843, VJ840/841 từ Thành phố Hồ Chí Minh đi Đài Bắc và ngược lại. Các chuyến bay đi và đến Hàn Quốc đang được hãng theo dõi diễn biến của bão và thông báo đến hàng khách khi có thay đổi giờ bay. Một số chặng bay khác cũng bị ảnh hưởng dây chuyền do lịch bay thay đổi. Hành khách trên các chuyến bay bị ảnh hưởng do bão sẽ được VietJet chuyển sang chuyến tiếp theo nếu thời tiết thuận lợi hơn. Hãng cũng linh hoạt giải quyết hoàn vé hoặc bảo lưu vé, tùy theo nhu cầu.