Cụ thể, đối với việc thực hiện Kết luận của Thanh tra Chính phủ, Tổng Công ty Lương thực miền Nam còn thiếu sót là không thực hiện đúng quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng Thành viên Tổng Công ty ban hành kèm theo Quyết định số 53/QĐ-HĐTV ngày 7/5/2015 về trình tự, thủ tục tiến hành xử lý trách nhiệm đối với Phó Tổng giám đốc Tổng Công ty, Giám đốc các công ty cổ phần, Giám đốc Công ty hạch toán phụ thuộc theo Kết luận thanh tra. Bên cạnh đó, Tổng Công ty Lương thực miền Nam mới chỉ xem xét, xử lý trách nhiệm đối với Tổng Giám đốc, Giám đốc các công ty cổ phần mà không xem xét, xử lý người đại diện phần vốn Nhà nước tại DN.

Đến thời điểm kết thúc thanh tra, Tổng Công ty Lương thực miền Nam chưa thu hồi số tiền hơn 6 tỷ đồng do Hiệp hội Lương thực Việt Nam thu phí ủy thác xuất khẩu và hơn 217 triệu đồng do nghiệm thu sai so với thực tế gói thầu san nền tại dự án chợ chuyên kinh doanh lúa gạo Thốt Nốt. Kết luận thanh tra của Bộ NN&PTNT chỉ rõ, trách nhiệm để xảy ra những sai phạm trên thuộc về Tổng Giám đốc Tổng Công ty Lương thực miền Nam (đồng thời là Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam).

Về sai phạm liên quan đến việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất và bán tài sản trên đất, từ năm 2014 đến thời điểm thanh tra, Tổng Công ty Lương thực miền Nam đã bán tài sản trên đất, đồng thời chuyển quyền sử dụng đất sai quy định tại Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ. Cụ thể gồm lô đất 697m2 tại ấp Tân Phú 2, xã Tân Thuận Bình, huyện Chợ Gạo, tỉnh Tiền Giang với giá trị 179 triệu đồng; 3 cồn nuôi trồng thủy sản và tài sản đi kèm tại Công ty Nông sản thực phẩm Trà Vinh hơn 101 tỷ đồng; căn nhà số 2 Điện Biên Phủ, TP Trà Vinh 12,6 tỷ đồng. Tổng giá trị 3 tài sản đã bán là hơn 114,7 tỷ đồng.

Việc sắp xếp nhà, đất, Tổng Công ty Lương thực miền Nam không báo cáo với Bộ NN&PTNT, Bộ Tài chính và UBND các tỉnh, TP sở tại là sai với quy định tại Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ. Tổng Công ty tự tính số tiền chuyển nhượng sau khi trừ các chi phí, số còn lại tạm nộp vào tài khoản của Cục Quản lý công sản, Bộ Tài chính là sai với quy định tại Quyết định số 71/2014/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Theo kết luận thanh tra, trách nhiệm đối với khuyết điểm, sai phạm nêu trên chủ yếu thuộc về Hội đồng Thành viên Tổng Công ty, trực tiếp là Chủ tịch Hội đồng Thành viên tại thời điểm ban hành chủ trương bán tài sản.

Đặc biệt, kết luận thanh tra cũng chỉ rõ những sai phạm của Tổng Công ty Lương thực miền Nam đối với việc thực hiện các hợp đồng xuất khẩu gạo tập trung. Cụ thể Tổng Công ty Lương thực miền Nam chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm của thương nhân đầu mối được quy định tại Điều 10, Thông tư số 44/2010/TT-BCT ngày 31/12/2010 của Bộ Công Thương. Trong đó không xây dựng phương án dự thầu, đàm phán, ký kết hợp đồng tập trung có hiệu quả, không có phương án bằng văn bản triển khai thực hiện hợp đồng ngay sau khi ký kết hợp đồng tập trung…

Bên cạnh đó, việc tính không đầy đủ các chi phí trong phương án thực hiện hợp đồng và không xây dựng phương án cụ thể theo từng hợp đồng là không đúng với quy định trong Quy chế bán hàng của Tổng Công ty Lương thực miền Nam. Đây là một trong các nguyên nhân gây tổn thất cho Tổng Công ty Lương thực miền Nam. Trách nhiệm để xảy ra những sai phạm trên chủ yếu là thuộc về Tổng Giám đốc Tổng Công ty.

Ngoài ra, Kết luận thanh tra của Bộ NN&PTNT cũng đề cập đến một số sai phạm khác của Tổng Công ty Lương thực miền Nam liên quan đến kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh năm 2014, 2015, quý I/2016 và tái cơ cấu DN; việc quản lý, sử dụng vùng nuôi trồng thủy sản tại Đồng Tháp và nhà máy chế biến, bảo quản thủy sản tại Tiền Giang; các dự án khách sạn cao cấp, cao ốc văn phòng, trung tâm thương mại cho thuê tại TP Hồ Chí Minh.