Tuy nhiên, trong quá trình vận hành, một số công trình đã phát hiện khiếm khuyết như bị thấm dột; một số vị trí gạch lát nền, bậc tam cấp bị nứt; một số thiết bị vệ sinh, thiết bị điện, cửa, vách kính... bị hư hỏng phải thay thế. Ngoài ra, một số công trình đã phát sinh những bất hợp lý về công năng sử dụng. Đáng chú ý, một số chủ sử dụng đã tự ý thay đổi vị trí, công năng các phòng, trang thiết bị được lắp đặt.