Thông tư có hiệu lực từ ngày 1/1/2012. Theo đó, mức phí thu bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn, khí thiên nhiên, khí than là 50.000 đồng/tấn, quặng sắt từ 40.000 - 60.000 đồng/tấn, titan từ 50.000 - 70.000 đồng/tấn, than các loại từ 6.000 - 10.000 đồng/tấn… Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản được tính bằng số lượng từng loại khoáng sản khai thác trong kỳ nhân với mức phí phải nộp của từng loại khoáng sản. Lượng khoáng sản dùng để tính thuế là lượng khoáng sản nguyên khai thác thực tế, khoáng sản kim loại, không tính đến sự khác biệt do công nghệ và vùng miền.