Yên Phú là một trong những ngôi chùa cổ nhất ở nước ta, có lịch sử hơn 2.000 năm tuổi. Theo sử sách, Chùa do sư bà Phương Dung kiến lập từ đầu thiên niên kỷ thứ nhất, đã có công nuôi dưỡng hai vị tướng Trung Vũ và Đài Liệu tham gia khởi nghĩa Hai Bà Trưng. Năm 1789, chùa là nơi tập kết binh sĩ của Quang Trung khi công phá đồn Ngọc Hồi, tiêu diệt quân Thanh… Trải qua nhiều đời, chùa là nơi thờ tự linh thiêng của người dân quanh vùng, nơi sinh hoạt văn hóa thời bình, cứ địa cách mạng vào thời chiến. Thời kháng chiến chống Pháp, sư trụ trì Đàm Nghi trực tiếp tham gia Mặt trận Việt Minh, lãnh đạo chiến tranh du kích; chùa là nơi nuôi dưỡng nhiều cán bộ cách mạng… Chùa đã được công nhận là di tích lịch sử quốc gia và tặng thưởng Huân chương Kháng chiến hạng Nhất.
Sau hơn 2 năm khởi công xây dựng lại, chùa đã hoàn thành giai đoạn 1. Theo thiết kế, chùa được xây dựng trên diện tích 3.351,5m2, trong khuôn viên rộng 4.152m2, bao gồm sân, vườn, cổng tam quan, lầu chuông, lầu trống… Đây là công trình kỷ niệm 30 năm thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
