Bệnh viện Nhi Trung ương cơ sở 2 nằm trong phạm vi đồ án Quy hoạch chung thị trấn sinh thái Quốc Oai tỷ lệ 1/5.000, thuộc địa giới hành chính xã Ngọc Mỹ, huyện Quốc Oai (TP Hà Nội). Về phạm vi ranh giới, phía Bắc giáp tuyến đường 24m và dải cây xanh cách ly đại lộ Thăng Long; phía Nam giáp khu đất quy hoạch trung tâm y tế; phía Tây giáp dự án Bệnh viện Phụ sản Trung ương cơ sở 2; phía Đông giáp tuyến đường 24m và khu đất quy hoạch cây xanh đô thị.

Bệnh viện Nhi Trung ương cơ sở 2 được xây dựng với cơ sở hạ tầng hoàn chỉnh và trang thiết bị kỹ thuật hiện đại, tiên tiến nhằm cung cấp các dịch vụ khám sức khỏe cho trẻ em trên địa bàn TP Hà Nội, các vùng lân cận; góp phần giảm tải cho Bệnh viện Nhi Trung ương cơ sở 1 trong nội thành và là trung tâm đào tạo phát triển nguồn nhân lực trong chuyên khoa Nhi của cả nước.

Bệnh viện Nhi Trung ương cơ sở 2 có quy mô 300 giường bệnh nội trú, 1.000 lượt khám/ngày. Giám đốc Bệnh viện Nhi Trung ương Trần Minh Điển cho biết, là bệnh viện chuyên khoa Nhi tuyến cuối cả nước, mỗi ngày, Bệnh viện đón tiếp hơn 4.000 bệnh nhân. Việc xây dựng Bệnh viện Nhi Trung ương cơ sở 2 có ý nghĩa quan trọng, góp phần giảm tải cho cơ sở 1 và tạo điều kiện thuận lợi giúp nhân dân các khu vực ngoại thành và lân cận Hà Nội khám chữa bệnh thuận tiện hơn.