Theo đó, Sở Y tế Hà Nội có Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc; các tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở Y tế (7 phòng); các cơ quan trực thuộc Sở Y tế (2 Chi cục) gồm Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm; các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế (86 đơn vị) gồm khối bệnh viện (42 đơn vị), khối trung tâm y tế quận, huyện, thị xã (30 đơn vị), khối trung tâm chuyên khoa và đơn vị khác (4 đơn vị); đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình là Trung tâm Tư vấn dịch vụ Dân số - Kế hoạch hóa gia đình. Các tổ chức sau thuộc Sở sẽ được sắp xếp, tổ chức lại theo quyết định của Chủ tịch UBND TP: Sáp nhập Trung tâm Phòng chống lao và bệnh phổi Hà Đông vào Bệnh viện Phổi Hà Nội; tổ chức lại 9 đơn vị gồm Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế, Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường, Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe Hà Nội, Trung tâm Phòng chống HIV/AIDS Hà Nội, Quỹ hỗ trợ, phòng chống dịch bệnh nguy hiểm HIV/AIDS, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản Hà Đông, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản Hà Nội, Trung tâm Bác sỹ gia đình, Trung tâm Kiểm nghiệm Hà Nội, theo đề án sắp xếp chung các đơn vị sự nghiệp thuộc thành phố. Ban Quản lý dự án sẽ được sắp xếp, kiện toàn theo Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng. Đối với những trường hợp đã được bổ nhiệm giữ chức vụ người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu các cơ quan, đơn vị thuộc, trực thuộc Sở, sau khi sắp xếp mà thôi giữ chức vụ lãnh đạo hoặc được bổ nhiệm vào chức vụ mới có phụ cấp chức vụ lãnh đạo thấp hơn so với phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ thì được hưởng bảo lưu phụ cấp chức vụ lãnh đạo theo quy định tại Quyết định số 140/2009/QĐ-TTg ngày 31/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ về bảo lưu phụ cấp chức vụ lãnh đạo đối với các chức danh lãnh đạo trong quá trình sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy.
