Cụ thể, theo HHVT qui định về nguồn hình thành Quĩ Bảo trì đường bộ chưa phù hợp. Nếu áp dụng phương thức thu theo Kịch bản 1 (phí sử dụng đường bộ thu trực tiếp trên đầu phương tiện ô tô, phí sử dụng đường bộ ấn định 1.000 đồng/lít xăng thông thường) dẫn đến tình trạng một tỉ lệ lớn xe cơ giới sử dụng xăng phải nộp nhiều lần phí, trong khi phương tiện sử dụng dầu diezel thì chỉ chịu hai lần phí. Mặt khác, việc thu phí qua đầu phương tiện sẽ không công bằng giữa các phương tiện cùng loại với nhau, trong khi thực tế việc sử dụng đường bộ, mức độ tác động đến sự xuống cấp của cầu, đường có sự khác nhau... Theo HHVT, cần chấm dứt việc thu phí xăng dầu trước khi thu phí bảo trì đường bộ hoặc chuyển nguồn thu phí xăng dầu qua cho Quĩ Bảo trì đường bộ để tránh tình trạng người dân và doanh nghiệp phải đóng 2 lần phí bảo trì đường bộ.