Hơn 40 năm qua, ông sống tại phố Huế, một trong những phố đông đúc và sầm uất nhất của Hà Nội. Những biến chuyển của thời gian về một Hà Nội đã được ông đúc kết vào rất nhiều cuốn sách của mình. Căn bệnh viêm đa khớp khiến những đốt ngón tay của ông cử động cực kỳ khó khăn nhưng gần như ngày nào ông cũng miệt mài bên đống sách vở, cặm cụi ghi lại những biến chuyển ấy.
Sau khi bảo vệ thành công luận án Tiến sĩ Sử học về Thăng Long - Hà Nội vào đầu những năm 1980, đến năm 1993, luận án của ông được chỉnh lý, bổ sung để in thành sách. Năm 2002, cuốn sách được dịch và xuất bản bằng tiếng Anh với tên gọi “Economic History of HaNoi in the 17th,18th,19th centuries”. Năm 2006, dựa trên những tiền đề sẵn có, ông biên soạn cuốn Kinh tế - xã hội đô thị Thăng Long – Hà Nội thế kỷ XVII, XVIII, XIX, xuất bản đúng dịp Đại lễ 1000 năm Thăng Long – Hà Nội và sau đó được trao Giải thưởng Nhà nước về Khoa học và công nghệ năm 2012.
Ông kể: "Ngày ấy, các thầy khuyên tôi làm một đề tài khác. Nhưng tôi nghĩ, mình sinh ra và lớn lên ở Hà Nội. Trong khi đó, nhiều vấn đề về lịch sử, văn hóa của Hà Nội lại chưa được làm rõ. Như vậy có thiếu sót và có lỗi với Hà Nội hay không? Vì vậy, tôi đã chọn đề tài nghiên cứu về Hà Nội".
Khi bắt tay vào công việc, ông nhận thấy phần lớn các sách vở, tư liệu về Hà Nội của các học giả như Hoàng Ðạo Thúy, Doãn Kế Thiện, Trần Huy Bá… đều là những tư liệu hồi cố, những ghi chép về văn hóa dân gian, di tích, chứ chưa có một đề tài khoa học đúng nghĩa. Giai đoạn từ thế kỷ XVII đến XIX gắn với triều đại Lê Trung Hưng lại càng ít được nghiên cứu. Phó Giáo sư Nguyễn Thừa Hỷ phải tìm khắp các thư viện để kiếm những nguồn tư liệu gốc.
“Hồi đó, việc tiếp cận các tư liệu bằng tiếng Anh, Pháp viết về Thăng Long - Hà Nội thời kỳ trung đại khá khó khăn, phải có thẻ đọc đặc biệt. Nhờ thông thạo hai ngoại ngữ này từ thời còn đi học, tôi dần tìm tòi, chắt lọc, tự dịch nghĩa, đối chiếu, trích dẫn vào luận án hàng trăm nguồn tư liệu gốc nước ngoài, trong đó có nhiều tư liệu chưa hề được ai khai thác trước đó”, Phó Giáo sư Nguyễn Thừa Hỷ cho biết.
Cũng nhờ thông thạo tiếng Anh, tiếng Pháp, ông đã tìm tòi và phát hiện nhiều tư liệu quý của các nhà buôn, nhà truyền giáo phương Tây đến Hà Nội giai đoạn này. Bởi thế, trong công trình của ông, hàng trăm tư liệu của phương Tây về Hà Nội lần đầu được công bố, đem lại cái nhìn đầy đủ hơn, mới mẻ hơn về Hà Nội một thời đã qua.
Nhiều năm nghiên cứu về Thăng Long - Hà Nội, ông chợt nhận ra rằng những phát hiện về lịch sử, văn hóa, xã hội của thành phố càng ngày càng khiến ông say mê, gợi mở thêm nhiều vấn đề cần được tìm hiểu. Khi ấy, tình yêu quê hương không đơn thuần là một thứ tình cảm tự nhiên mà trở nên sâu sắc hơn. Mỗi góc phố, mỗi căn nhà đều chứa đựng trong đó rất nhiều câu chuyện thú vị. Và tình yêu ấy khiến ông thấy trách nhiệm của mình với Hà Nội ngày một lớn hơn.
Thời gian làm việc tại Khoa Lịch sử - Trường Đại học Khoa học xã hội và Nhân văn Hà Nội, ông đã cho ra đời nhiều công trình mới, tập trung nhất vẫn là những công trình về Thăng Long - Hà Nội. Ông yêu văn hóa Hà Nội một cách khách quan, trung thực và không "tô hồng". Ông nhìn thấy cả những điểm mạnh lẫn điểm yếu, cả những điều hay lẫn lẽ dở của Hà Nội. Với ông, Hà Nội là một đô thị "kiểu phương Đông", mang trong mình cả dòng văn hóa quý tộc của giới quan lại lẫn văn hóa bình dân; văn hóa cung đình và văn hóa phố - chợ. Sự chung đúc qua năm tháng tạo nên tính cách người Hà Nội trọng danh dự, trọng chữ tín.
Theo ông, ưu tú nhất, đẹp nhất là Hà Nội. Nhưng mặt trái của Hà Nội cũng rất ghê gớm. Việc trọng danh dự, trọng chữ tín là một nét đẹp. Song nhiều lúc, nhiều người lại hiểu cái trọng danh dự là trọng hình thức bề ngoài, ưa sĩ diện.
Trong tuyển tập nghiên cứu “Thăng Long – Hà Nội trong mắt một người Hà Nội” xuất bản cuối năm 2018, ông tập trung nghiên cứu, phân tích về chất lượng thị dân Thăng Long - Hà Nội. Đó là niềm tự hào của những con người Hà Nội đích thực về một truyền thống lâu đời của lòng yêu nước, tinh thần lao động cần cù khéo léo, nếp sống hào hoa, thanh lịch, trọng chữ tín. Ông cũng đồng thời chỉ ra những mảng tối, biểu lộ qua những tật xấu có thực của thị dân Thăng Long – Hà Nội như thói sĩ diện, chuộng hình thức hư danh, tính bảo thủ, ít sáng tạo trong lao động, tinh thần thụ động với những lề thói cố hữu. Và gần đây là những biểu hiện của thói bạo lực mất nhân tính, thói vô cảm đáng báo động…
Theo ông, phải nhìn nhận một cách thẳng thắn đa chiều, dám nhìn vào những "mảng tối" mới có thể "chữa" được những "căn bệnh" trong văn hóa Hà Nội hôm nay. Ðất nước và Thủ đô đã đạt được nhiều thành tựu. Nhưng cùng với đó chính là độ "vênh" về kinh tế và văn hóa - xã hội. Muốn phát triển bền vững phải lấy con người là trung tâm, là điểm xuất phát và cũng là đích đến.
“Chính quyền thành phố đã có nhiều chính sách bảo tồn và phát triển văn hóa. Nhưng nếu bản thân mỗi con người không có ý thức, cũng sẽ không đóng góp được gì nhiều cho văn hóa Hà Nội. Tôi không quan trọng nguồn gốc người ta đến từ đâu. Vì xưa nay, người Hà Nội vẫn là nơi tập trung dân cư. Mỗi cá nhân hãy tự đặt câu hỏi: Vì sao Hà Nội giàu truyền thống với một nguồn tài nguyên thiên nhiên và tiềm năng nhân văn phong phú như vậy, từng một thời vang bóng, mà ngày nay, dù đã đạt được những tiến bộ, nhìn chung vẫn thua kém các đô thị bạn bè trong khu vực và trên thế giới?", ông trăn trở.
Ở độ tuổi 83, ông vẫn cần mẫn làm việc 8 tiếng/ngày, khi nào mệt sẽ nghỉ để giữ gìn sức khỏe cho những dự định của mình. Đó là cuối năm sẽ cho ra mắt cuốn sách về Hà Nội thời Lê Trung Hưng, tập hai của Tư liệu văn hiến Thăng Long - Hà Nội: Tuyển tập tư liệu phương Tây. Ông cũng đang hoàn thành bản thảo Lịch sử Việt Nam tập 10 - Đàng Ngoài 1593-1771 (thuộc Đề án khoa học xã hội cấp quốc gia “Nghiên cứu, biên soạn bộ Lịch sử Việt Nam”).
Dường như trong con người ông không chỉ có trách nhiệm của một nhà nghiên cứu chuyên nghiệp mà bao trùm lên tất cả là sự say mê, một tinh thần lao động cần cù, bền bỉ và trên hết là một bản sắc riêng, một cách yêu Hà Nội thầm lặng và đặc biệt. Bởi ông vẫn thường nhắc đi nhắc lại với chúng tôi: “Hà Nội còn rất nhiều vấn đề, từ xưa đến nay, cần được tìm hiểu, nghiên cứu”.
Bên cạnh sự ghi nhận của Nhà nước, tình yêu Hà Nội đặc biệt của ông đã được ghi nhận bằng Giải thưởng lớn - Vì tình yêu Hà Nội của Giải thưởng Bùi Xuân Phái lần thứ 12 và tới đây sẽ là danh hiệu Công dân Thủ đô ưu tú năm 2019.