Phó Trưởng Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU gồm: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (thường trực); Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Ủy viên Ban Chỉ đạo gồm lãnh đạo các cơ quan, địa phương: Ban Tuyên giáo T.Ư; Văn phòng Chính phủ; Bộ Ngoại giao; Bộ Tư pháp; Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Bộ Tài chính; Bộ Công Thương; Bộ Giao thông vận tải; Bộ Thông tin và Truyền thông; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Quốc phòng; Bộ Công an; Ủy ban Quốc gia ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn; UBND 28 tỉnh, TP trực thuộc T.Ư ven biển; Tổng cục trưởng Tổng cục thủy sản.

Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU có chức năng tham mưu, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc qua trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ liên quan đến công tác chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (chống khai thác IUU); chỉ đạo, đôn đốc, phối hợp các bộ, ban ngành và địa phương triển khai, thực hiện chống khai thác IUU đáp ứng theo thông lệ quốc tế, các công ước, hiệp định quốc tế mà Việt Nam tham gia, ký kết, phù hợp với quy định của các tổ chức nghề cá trong khu vực và quốc tế về chống khai thác IUU.

Nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU là tham mưu, tổng hợp và đề xuất với Thủ tướng Chính phủ các nhiệm vụ, giải pháp cấp bách, trọng tâm, ưu tiên triển khai thực hiện về chống khai thác IUU; kiến nghị, đề xuất giải quyết các vướng mắc trong triển khai thực hiện chống khai thác IUU của các bộ, ban ngành và địa phương vượt quá thẩm quyền; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc các bộ, ban ngành và địa phương triển khai thực hiện các văn bản, chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về chống khai thác IUU...

Các thành viên Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU.