Khi Dự luật đưa ra lấy ý kiến ĐB Quốc hội, chuyên gia để tiếp tục hoàn chỉnh sau khi Quốc hội thảo luận tại Kỳ họp thứ 3, nội dung về đầu mối trong quản lý nợ công vẫn còn nhiều quan điểm khác nhau. Đa số ý kiến đề nghị quy định thống nhất một đầu mối, tuy nhiên có ý kiến cho rằng nên cân nhắc không thay đổi đầu mối đàm phán với các tổ chức quốc tế. Một số ý kiến khác lại đề nghị đánh giá kỹ hơn về tính hiệu quả của việc tập trung chức năng quản lý nợ công vào một đầu mối, đồng thời cần xem xét vấn đề này sớm trong bối cảnh cải cách hành chính hiện nay…
Quy định về nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của các cơ quan trong quản lý nợ công cũng có ý kiến "vênh" nhau giữa Ủy ban Tài chính Ngân sách và cơ quan soạn thảo. Chính phủ đề nghị giữ nguyên nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Bộ Tài chính, Bộ KH&ĐT, Ngân hàng Nhà nước như hiện hành, nhằm bảo đảm ổn định bộ máy, không gây xáo trộn về tổ chức, chức năng và không phải điều chỉnh các luật có liên quan. Cơ chế quản lý nợ công như hiện nay đã được thực hiện từ nhiều năm và các cơ quan đã làm tốt chức năng, nhiệm vụ, góp phần huy động nguồn vốn ODA, vay ưu đãi từ các tổ chức quốc tế, Chính phủ nước ngoài cho ngân sách Nhà nước và cho đầu tư phát triển.
Tuy nhiên, đa số thành viên của Ủy ban Tài chính Ngân sách đều đề nghị quy định thống nhất đầu mối trong quản lý nợ công trên nguyên tắc: Một việc chỉ giao cho một cơ quan, một người chịu trách nhiệm chính. “Nghị quyết số 07-NQ/TW năm 2016 của Bộ Chính trị về chủ trương, giải pháp cơ cấu lại ngân sách Nhà nước, quản lý nợ công đã đặt ra yêu cầu tập trung thống nhất trong quản lý nợ công nhằm sớm khắc phục tình trạng chồng chéo, chưa gắn trách nhiệm cân đối ngân sách, vay và trả nợ với phân bổ, sử dụng vốn. Luật cần thể chế hóa chủ trương này để khắc phục tồn tại, hạn chế hiện nay” - Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính Ngân sách Nguyễn Đức Hải bày tỏ.
Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng cho biết, trong quá trình nghiên cứu xây dựng Luật có đề xuất một đầu mối, vừa là thông lệ, vừa khắc phục hạn chế. Triển khai Nghị quyết 07, trong đó cũng xác định một việc chỉ một người làm. Quan điểm của Bộ trong xây dựng Luật là chỉ một đầu mối, tuy nhiên, Chính phủ làm việc theo cơ chế tập thể và phải theo cơ chế của Chính phủ. Khi Chính phủ bỏ phiếu thì thống nhất 3 đầu mối, nên về nguyên tắc Bộ phải theo.
Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cho rằng, cần phải thống nhất đầu mối quản lý nợ công, đặt lợi ích quốc gia lên trên hết. Nếu vấn đề này còn nhiều ý kiến khác nhau, cơ quan thẩm tra và cơ quan soạn thảo cần làm việc thêm với nhau để thống nhất, đảm bảo thực hiện đúng tinh thần Nghị quyết 07 và phù hợp với thông lệ quốc tế. Nếu đưa lý do không thay đổi đầu mối quản lý để tránh làm xáo trộn chức năng, nhiệm vụ, tổ chức của một số cơ quan thì không thuyết phục, không hợp lý với việc cải cách hành chính nhà nước hiện nay. Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển cũng cho rằng, về thẩm quyền của các cơ quan trong quản lý nợ công, phải phân định rõ vai trò chức năng của Nhà nước và rà lại, tránh những vấn đề trùng lắp. Đồng thời, Chính phủ phải có báo cáo đánh giá tác động để xem xét, nếu tập trung vào một đầu mối thì có lợi gì, nếu để như hiện nay thì có lợi gì, trước khi tiếp tục trình Dự luật ra UBTV Quốc hội tiếp tục xem xét.