Theo đó, đối đáp lại quan điểm bào chữa của các luật sư đối với các bị cáo, Viện kiểm sát cho rằng, trong kết luận điều tra cũng như cáo trạng, cơ quan tố tụng không kết luận các loại thuốc giả của VN Pharma có vấn đề về chất lượng mà chỉ kết luận đây là thuốc không rõ nguồn gốc xuất xứ, giả nhãn mác Heath 2000.
Thực tế cả hai công ty Helix Canada và Health 2000 Canada đều không được cấp phép sản xuất thuốc tại Canada, nhưng các bị cáo vẫn có thuốc giả để buôn bán. Do đó, Viện kiểm sát khẳng định việc truy tố Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường - cựu Giám đốc Công ty H&C cùng các nhân viên của hai doanh nghiệp này về tội "Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh" là đúng.
Đối với nhóm nhân viên của bị cáo Hùng và Cường, đại diện VKS đồng ý với quan điểm trình bày của luật sư cho rằng, họ chỉ là những người làm công ăn lương, không hưởng lợi bất chính nên đề nghị HĐXX không truy thu tiền của họ từ việc bán thuốc giả.
Trước quan điểm đối đáp của đại diện Viện kiểm sát, luật sư của bị cáo Nguyễn Minh Hùng cho rằng, nếu chỉ xem xét về mặt nhãn mác và nguồn gốc xuất xứ, mà không kết luận về mặt chất lượng thì phải đánh giá lại mức độ, hành vi sai phạm của bị cáo để tương xứng với mức án. Bởi hiện tại, mức án mà đại diện Viện kiểm sát đề nghị với bị cáo Hùng 20 năm tù là quá cao.
Trước đó, nêu quan điểm bào chữa cho bị cáo Hùng, luật sư Nguyễn Đình Hưng kiến nghị HĐXX làm rõ thuốc giả của VN Pharma giả có chất lượng và hậu quả gây ra như thế nào.
Theo luật sư Nguyễn Đình Hưng, thuốc của VN Pharma chỉ giả về mặt xuất xứ, không vi phạm quy định về chất lượng. Trong quá trình điều tra, cơ quan tố tụng đã thu thập thông tin trên diện rộng tại các quốc gia và các cơ quan quản lý liên quan, song không thu được tài liệu nào chứng minh các loại thuốc giả trong vụ án đã gây ra hậu quả nào đó cho người tiêu dùng.
Còn đối với vai trò của bị cáo Nguyễn Minh Hùng trong vụ án, luật sư Hưng cho rằng, bị cáo Hùng và nhóm bị cáo tại doanh nghiệp này ở trong thế rơi vào "bẫy" của bị can Nguyễn Lê Xuân Khang (hiện bỏ trốn) và đối tác Raymundo (người Philippines). Hai người này chủ động tiếp cận VN Pharma và đưa ra các giấy tờ con dấu giả về các thuốc. Từ đó, bị cáo Hùng cùng nhân viên không ý thức được đây là giả vì ngay chính cán bộ Cục Quản lý Dược cũng không thể phát hiện ra. Các giấy tờ này chỉ được phát hiện là giả khi cơ quan điều tra khởi tố, áp dụng các biện pháp khoa học pháp lý.
Theo cáo trạng truy tố, bị cáo Nguyễn Minh Hùng đã kết với bị cáo Võ Mạnh Cường - nguyên Giám đốc Công ty TNHH thương mại Hàng hải Quốc tế H&C chỉ đạo nhân viên dưới quyền làm giả 15 hợp đồng mua bán và 26 phụ lục hợp đồng, nâng khống giá thuốc, làm giả chứng từ thay đổi nguồn gốc xuất xứ thuốc, hợp thức chứng từ thanh toán để thông quan, nhập khẩu các thuốc, thu lợi bất chính 31,5 tỷ đồng.
Do đó, Nguyễn Minh Hùng, Võ Mạnh Cường và 7 bị cáo khác là cán bộ, nhân viên thuộc VN Pharma bị truy tố về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh”. Với hành vi nêu trên, bị cáo Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường cùng bị VKS đề nghị HĐXX xử phạt mức án 20 năm tù về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh”.