Theo cáo trạng truy tố, bị cáo Nguyễn Quang Linh bị truy tố về hành vi “Nhận hối lộ”. Khai nhận tại tòa, bị cáo Linh cho biết, chức năng nhiệm vụ của mình là giúp việc cho lãnh đạo Chính phủ, không có chức năng thẩm định, đề xuất. Khi văn bản gửi đến, bị cáo có vai trò rà soát lại trình tự thủ tục, nội dung, hình thức có đảm bảo phù hợp với văn bản liên quan kèm theo hay không.
Khi được hỏi về quy trình xét duyệt, cấp phép các “chuyến bay giải cứu” ở Văn phòng Chính phủ, bị cáo Linh cho biết quy trình xử lý đi từ dưới đi lên. Cụ thể khi nhận được hồ sơ đăng ký của các tổ chức, doanh nghiệp gửi đến Văn phòng Chính phủ, hồ sơ trước hết sẽ đi qua văn thư, rồi chuyển đến đơn vị chức năng mà cụ thể là Vụ Quan hệ quốc tế. Tiếp sau đó, Vụ Quan hệ quốc tế sẽ phối hợp với các đơn vị có liên quan để tham mưu đề xuất làm phiếu trình lãnh đạo Văn phòng Chính phủ. Tiếp sau đó sẽ báo cáo lãnh đạo Chính phủ.
Ngoài ra, bị cáo Linh nói bản thân không có thẩm quyền ngăn chặn, bác bỏ mà chỉ báo cáo lại việc có phù hợp với nội dung, hình thức hay không. Phó Thủ tướng lúc đó được phân công nhiệm vụ thực hiện công tác bảo hộ công dân, xem xét giải quyết cho người lao động Việt Nam bị mắc kẹt ở nước ngoài để cho họ về nước. Theo quy trình giải quyết các chuyến bay đưa công dân về nước, bị cáo Linh cho biết số lượng phiếu trình rất nhiều và không nhớ.
Về hành vi nhận hối lộ, bị cáo Linh cho biết, thông qua giới thiệu của Vũ Ngọc Quyền - Phó Vụ trưởng Vụ Thư ký Biên tập (Văn phòng Chính phủ), cuối tháng 1/2021, Hoàng Anh Kiếm - đại diện của Công tu Lữ hành Việt liên hệ nhờ Linh giúp đỡ, tác động, cấp phép cho Công ty Lữ Hành Việt được tổ chức chuyến bay. Ngay khi gặp gỡ, đầu năm 2021, do Chính phủ đang thực hiện chính sách giãn cách xã hội, hoãn các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước nên Linh cho biết sẽ không thể xử lý được và hẹn khi nào có chủ trương nối lại các chuyến bay thì sẽ thông báo lại sau.
Đến giữa tháng 3/2021, khi Chính phủ có chủ trương nối lại các chuyến bay, bị cáo Linh đã chủ động trao đổi với Hoàng Anh Kiếm. Tuy nhiên bị cáo khai nhận chỉ hướng dẫn Hoàng Anh Kiếm chuẩn bị hồ sơ để làm sao khi gửi lên Văn phòng Chính phủ hợp lệ chứ không có thỏa thuận gì thêm. Sau khi Hoàng Anh Kiếm nộp hồ sơ, bị cáo Linh giới thiệu với Nguyễn Tiến Thân - Chuyên viên Vụ Quan hệ quốc tế để hai bên gặp gỡ nhau.
Trước HĐXX, bị cáo Linh thừa nhận đã được nhận 180.000 USD từ Hoàng Anh Kiếm, 100 triệu đồng từ Nguyễn Mai Anh. Sau khi nhận khoản tiền, bị cáo không báo cáo hay đưa tiền cho ai. Trong đó, Nguyễn Mai Anh có nói là doanh nghiệp cảm ơn nhưng không nói nói rõ tên doanh nghiệp và bị cáo hiểu là doanh nghiệp khi được cấp phép chuyến bay thì bản thân được cảm ơn.
Viện kiểm sát kết luận từ tháng 3 – 4/2021, bị Nguyễn Quang Linh đã nhận hối lộ 5 lần với tổng số tiền hơn 4,2 tỉ đồng. Hiện bị cáo đã nộp lại hơn 4,4 tỉ đồng.
