Theo đó, ngay sau khi có kết quả điều tra, đánh giá mức độ, phạm vi ô nhiễm môi trường biển do sự cố môi trường gây ra tại ven biển 4 tỉnh miền Trung của Bộ TN&MT, Bộ NN&PTNT đã ban hành Văn bản hướng dẫn nuôi trồng thủy sản; khai thác hải sản, giám sát ATTP và sản xuất muối tại các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên Huế.
Cụ thể, đối với lĩnh vực nuôi trồng thủy sản, tổ chức tuyên truyền, hướng dẫn cho người dân hoạt động nuôi trồng thủy sản mặn, lợ bình thường đối với tất cả các phương thức nuôi: Nuôi lồng bè, bãi triều và trong ao, đầm. Đồng thời thực hiện quan trắc môi trường tại các vùng nuôi trồng thủy sản tập trung, trong đó lưu ý quan trắc bổ sung các thông số như Xyanua, phenol, kịp thời khuyến cáo cho người nuôi. Đối với những khu vực có một số thông số môi trường cao hơn các khu vực khác (khu vực cách bờ 1,5km thuộc Sơn Dương - tỉnh Hà Tĩnh, cửa Nhật Lệ - tỉnh Quảng Bình, Hòn Sơn Chà - tỉnh Thừa Thiên Huế, theo thông tin của Bộ TN&MT) cần tiếp tục thực hiện theo hướng dẫn của Bộ NN& PTNT tại Công văn số 4371/BNN-TCTS ngày 30/5/2016.Đối với khai thác hải sản, tổ chức tuyên truyền, hướng dẫn cho người dân hoạt động khai thác hải sản bình thường trên các vùng biển kết hợp lấy mẫu giám sát về ATTP đối với sản phẩm hải sản khai thác. Bên cạnh đó, để phục hồi nguồn lợi thủy sản và các hệ sinh thái thủy sinh là nơi cư trú của các loài thủy sản, khuyến cáo ngư dân chưa khai thác tại ba khu vực biển (Hòn Sơn Dương - tỉnh Hà Tĩnh, cách bờ 1,5km với diện tích 300km2; Cửa Nhật Lệ - tỉnh Quảng Bình, cách bờ 1,5km với diện tích 330km2 Hòn Sơn Chà - tỉnh Thừa Thiên Huế, cách bờ 1,5km với diện tích 160km2) và không sử dụng các nghề khai thác tầng đáy.Đối với giám sát ATTP sản phẩm hải sản, tổ chức thực hiện giám sát ATTP đối với sản phẩm hải sản khai thác tại các cảng cá, bến cá khi tàu về bờ và lưu ý các loại hải sản tầng đáy thường gặp ở vùng biển 4 tỉnh từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế. Thời điểm lấy mẫu giám sát là khi sản phẩm khai thác được bốc dỡ từ tàu khai thác đưa lên bờ tiêu thụ. Tần suất lấy mẫu giám sát: 2 - 3 ngày/lần tùy theo điều kiện thực tế tại địa phương. Số lượng mẫu giám sát đại diện cho các tàu đang đưa cá lên bờ tại thời điểm lấy mẫu; lựa chọn cá thể mẫu bảo đảm đại diện tầng sinh thái (tầng đáy, tầng nổi) và các loài hải sản khác nhau (cá, giáp xác, nhuyễn thể).Về công tác kê khai, xác định thiệt hại của người dân, Bộ NN&PTNT đã có các văn bản hướng dẫn cho các 4 địa phương bị ảnh hưởng bởi sự cố môi trường do Formosa. Ngày 16 – 17/9, Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ NN&PTNT, Bộ KH&ĐT, các tỉnh từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế rà soát định mức thiệt hại để trình Thủ tướng Chính phủ. Bên cạnh đó, Bộ NN&PTNT cũng đã xây dựng dự thảo Đề án “Xác định, bồi thường thiệt hại và hỗ trợ khắc phục hậu quả, khôi phục sản xuất, chuyển đổi nghề cho người dân bị ảnh hưởng bởi sự cố môi trường” đã báo cáo Thủ tướng và đang xin ý kiến đóng góp của các bộ, ngành cũng như 4 tỉnh miền Trung bị thiệt hại.