Tuy nhiên, hiện Hà Nội vẫn chưa thành lập được công ty tiếp nhận và quản lý vận hành tuyến đường sắt. Nguyên nhân là do các vướng mắc về tên gọi, mô hình hoạt động, vốn điều lệ của công ty. Ngoài ra, lái tàu là chức danh đòi hỏi phải đào tạo lâu nhất, song đến nay mới chỉ tạm tuyển được 33 người, thiếu 4 người. Tại buổi làm việc của UBND TP Hà Nội với đại diện các sở, ngành và Cục Đường sắt Việt Nam (Bộ GTVT) mới đây, các bên đã thống nhất về tên gọi là Công ty Đường sắt Hà Nội với mục tiêu tiếp nhận hệ thống đường sắt đô thị Thủ đô, quản lý, vận hành khai thác tốt nhất phục vụ nhu cầu đi lại của người dân. Công ty có vốn điều lệ khoảng 2.800 tỷ đồng, hoạt động theo mô hình công ty Nhà nước. UBND TP giao Sở Nội vụ là cơ quan chủ trì hoàn thiện đề án, đến đầu tháng 6/2014 trình các bộ, ngành của T.Ư, trước khi TP báo cáo Chính phủ thông qua.
