Tại vòng 12 V-League 2023/2024, SLNA có màn đón tiếp Nam Định trên sân Vinh vào ngày 3/3. Trận đấu này được áp dụng VAR, đây cũng là lần đầu tiên sân Vinh được Ban Tổ chức lắp đặt hỗ trợ công tác trọng tài. Trong suốt trận đấu diễn ra, cả hai đội chơi cống hiến, kịch tính và hấp dẫn, chiến thắng gọi tên đội khách Nam Định với bàn thắng của Tô Văn Vũ ở phút thứ 90+5. Đáng chú ý, bàn thắng của cầu thủ phía Nam Định gây khá nhiều tranh cãi sau khi trọng tài phải dừng trận đấu khoảng 5 phút để tham khảo VAR.
Nhiều nhận định cho rằng, bàn thắng của Nam Định không hợp lệ khi cầu thủ cuối cùng của đội khách mắc việt vị. Trước sự việc này, phía SLNA đã có công văn đề nghị Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF), Công ty CP bóng đá Chuyên nghiệp Việt Nam (VPF) và Ban Tổ chức các Giải bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam cũng như Ban Trọng tài VFF xem xét, kiểm tra lại tình huống việt vị hay không việt vị dẫn đến bàn thắng quyết định của trận đấu. Phía SLNA cũng yêu cầu các bên có liên quan phúc đáp bằng văn bản.
Đồng thời, SLNA có kiến nghị đến Ban Tổ chức Giải có biện pháp nâng cao chất lượng ghi hình, truyền hình cũng như chất lượng trọng tài, chất lượng vận hành VAR đang áp dụng tại V-League nhằm nâng cao chất lượng các trận đấu cũng như các giải phục vụ người hâm mộ cả nước. Bên cạnh đó, SLNA mong VFF, VPF và Ban Tổ chức giải quan tâm hơn nữa đến chất lượng và sự chính xác, công bằng trong các quyết định quan trọng của trọng tài chính và VAR tại V-Leagụe hiện nay.
Sau thất bại trước Nam Định, SLNA tụt xuống vị trí thứ 10 với 13 điểm sau 12 trận, hơn 5 điểm so với đội chót bảng Khánh Hòa. Ở vòng 13, SLNA sẽ làm khách trên sân B.Bình Dương diễn ra vào ngày 9/3.