Nghị định đã có những thay đổi quan trọng so với các nghị định về thuế trước đó, tóm tắt về nội dung của Nghị định và những thay đổi chính như sau: 1- Bổ sung quy định không tính thuế TNDN đối với chênh lệch do đánh giá lại tài sản của doanh nghiệp nhà nước khi cổ phần hóa (khoản 1 Điều 1 NĐ 91). 2- Sửa đổi thời gian miễn thuế từ 01 năm lên không quá 03 năm đối với thu nhập từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng VN theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của Bộ Khoa học và Công nghệ, được miễn thuế từ 01 năm lên tối đa không quá 05 năm kể từ ngày có doanh thu từ bán sản phẩm; thu nhập từ bán sản phẩm sản xuất thử nghiệm trong thời gian sản xuất thử nghiệm theo quy định của pháp luật (K2 Đ1 NĐ 91); 3- Bổ sung quy định cho phép doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ đối với khoản chi có tính chất phúc lợi (chi đám hiếu, hỷ của bản thân và gia đình người lao động; chi nghỉ mát, chi hỗ trợ điều trị; chi hỗ trợ bổ sung kiến thức học tập tại cơ sở đào tạo; chi hỗ trợ gia đình người lao động bị ảnh hưởng bởi thiên tai, địch họa, tai nạn, ốm đau; chi khen thưởng con cái của người lao động có thành tích tốt trong học tập;...) chi trực tiếp cho người lao động không quá 01 tháng lương thực tế thực hiện (K4 Đ1 NĐ 91); 4- Bổ sung quy định cho phép DN được trích khấu hao theo giá trị thực tế đối với ô tô dưới chín chỗ ngồi sử dụng để làm mẫu và lái thử của các cơ sở kinh doanh ô tô (hiện hành chỉ cho trích khấu hao và tích vào chi phí phần nguyên giá dưới 1.6 tỷ) (K5 Đ1 NĐ 91); 5- Bổ sung quy định Địa bàn có điều kiện - kinh tế xã hội thuận lợi không bao gồm các quận của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh mới được thành lập từ huyện kể từ ngày 01/01/2009, theo đó, DN có dự án đầu tư tại KCN thuộc các địa bàn này được hưởng ưu đãi theo quy định (K6 Điều 1NĐ 91); 6- Bổ sung quy định đối với dự án phân kỳ đầu tư và dự án trang bị bổ sung máy móc thường xuyên được hưởng ưu đãi thuế theo mức ưu đãi đang áp dụng đối với dự án đầu tư lần đầu; đối với dự án đầu tư được cấp giấy phép đầu tư trước ngày 01/01/2014 thì ưu đãi thuế được hưởng cho thời gian ưu đãi còn lại được tính từ ngày 01/01/2014 (K7 Đ1 NĐ 91) 7- Bổ sung quy định chuyển tiếp ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp dệt may đáp ứng tiêu chí xuất khẩu bị ngừng ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO được lựa chọn để hưởng ưu đãi thuế theo các điều kiện doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu) cho thời gian ưu đãi còn lại theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm được cấp Giấy phép thành lập hoặc tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm điều chỉnh do cam kết WTO (K8 Đ1 NĐ91). 8- Cập nhật thông tin về một số địa bàn tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế TNDN để phù hợp với thực tế (từ thị xã lên thành thành phố) (K9 Đ1 NĐ 91) 9- Bổ sung quy định trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào (K2 Đ2 NĐ 91);. 10- Bổ sung quy định được khấu trừ thuế GTGT theo giá trị thực tế đối với ô tô dưới chin chỗ ngồi dùng để làm mẫu và lái thử của các cơ sở kinh doanh ô tô (K3 Đ2 NĐ 91). 11- Bổ sung quy định được trừ khỏi diện thu nhập chịu thuế TNCN đối với khoản lợi ích nhận được là nhà ở do doanh nghiệp xây dựng cho công nhân làm việc trong các khu kinh tế, khu CN (K1 Đ2 NĐ91); 12- Bổ sung quy định cho phép cá nhân, hộ kinh doanh có thu nhập từ kinh doanh đã thực hiện nộp thuế theo phương pháp khoán không phải quyết toán thuế TNCN (K2 Đ2 NĐ 91); 13- Bổ sung quy định không phải quyết toán thuế đối với cá nhân là đại lý bảo hiểm, đại lý xổ số, bán hàng đa cấp (K3 Đ2 NĐ91). 14- Bổ sung quy định trường hợp người nộp thuế tạm ngừng hoạt động kinh doanh đã có văn bản đề nghị gửi cơ quan đăng ký kinh doanh nơi người nộp thuế đã đăng ký thì không phải nộp hồ sơ khai thuế trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh (K1 Đ4 NĐ 91); 15- Bổ sung vào diện được áp dụng biện pháp ưu tiên trong quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, bao gồm: doanh nghiệp có qui mô đầu tư lớn, dự án trọng điểm quốc gia, dự án đầu tư ưu tiên được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận trước khi cấp phép đầu tư (K2 Đ4 NĐ 91); 16- Bổ sung quy định về mức doanh thu khai theo quý (thay cho tháng) áp dụng đối với người nộp thuế đáp ứng điều kiện có tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống (K3 Điều 4); 17- Bổ sung quy định không thực hiện khai quyết toán thuế TNDN các trường hợp chuyển đổi mà bên tiếp nhận kế thừa toàn bộ nghĩa vụ về thuế của doanh nghiệp trước chuyển đổi (K4 Đ4 NĐ 91); 18- Quy định doanh nghiệp không phải kê khai thuế TNDN theo quý mà tạm nộp theo quý quyết toán theo năm (K5 Đ4 NĐ 91);
