Hà Nội là địa phương có nguồn TSTN khá phong phú trên hệ thống các sông như sông Hồng, sông Đà, sông Đuống, sông Tích, sông Bùi... và vùng ngoại thành có trên 9.000ha ruộng trũng, kênh, mương thủy lợi khá dày đặc. Tuy nhiên, vài năm gần đây các loài thủy sản sống trong tự̣ nhiên đang bị suy giảm nghiêm trọng cả về số lượng và sản lượng.
Có nhiều nguyên nhân dẫn tới tình trạng này, trong đó có nguyên nhân từ việc người dân sử dụng các phương pháp khai thác tận diệt như chất nổ, xung điện, ngư cụ đánh bắt không theo quy định… Hình thức đánh bắt này sẽ làm cạn kiệt nguồn TSTN, tạo cơ hội tốt cho một số loài ngoại lai phát triển, ngoài ra còn gây nguy hiểm cho tính mạng người sử dụng.
Bên cạnh đó, môi trường nước bị ô nhiễm do các loại nước thải, các loại thuốc, hóa chất dùng trong nông nghiệp gây ra đã tác động xấu tới sự sinh sản, phát triển của các loài TSTN. Không những thế, một bộ phận người nuôi vẫn sử dụng các loại thuốc thú y thủy sản, thức ăn công nghiệp một cách tùy tiện, dẫn đến phát sinh dịch bệnh trên các đối tượng nuôi, nguồn nước bị nhiễm bệnh không được xử lý mà xả trực tiếp ra môi trường cũng khiến lây lan dịch bệnh cho động vật TSTN.Minh chứng rõ nhất cho sự suy giảm này chính là tổng sản lượng TSTN khai thác trên địa bàn TP giảm dần theo các năm. Nếu như năm 2013, tổng sản lượng khai thác đạt trên 2.000 tấn, thì năm 2017 giảm xuống còn 1,66 nghìn tấn. Các loại cá trên sông như cá bơn, cá lẹp, cá măng, cá chày và nhóm cá đồng như trê, lươn, chạch, ếch, tôm, cua, ốc… giảm từ 50 – 80% so với trước đây. Một số loài như cá chày, cá bống… còn có nguy cơ tuyệt chủng. Nhiều nông dân trước sinh sống bằng nghề khai thác TSTN, nay đã phải bỏ nghề. Để bảo vệ và tái tạo nguồn lợi TSTN phát triển bền vững, Phó chi cục trưởng Chi cục Thủy sản Hà Nội Tạ Văn Sơn cho rằng: Trước hết cần có quy hoạch hài hòa giữa phát triển nông nghiệp với bảo vệ nguồn lợi thủy sản, hình thành các khu vực bảo tồn đa dạng sinh học thủy sản để các loài thủy sản có nơi cư trú, sinh sản. Song song với đó, tập trung tuyên truyền nâng cao ý thức, các tác hại của việc khai thác mang tính tận diệt để người dân có ý thức bảo vệ, giữ gìn nguồn tài nguyên thủy sản. Cần sự vào cuộc quyết liệt của các cấp, các ngành ở địa phương. Tăng cường công tác thanh tra bảo vệ nguồn lợi thủy sản ở các địa phương và kịp thời xử lý các trường hợp vi phạm. Bên cạnh đó, thực hiện thả cá tái tạo nguồn lợi thủy sản.Trong những năm qua, Chi cục Thủy sản Hà Nội đều tiến hành các hoạt động thả cá tái tạo nguồn lợi thủy sản trên các hệ thống sông, hồ trên địa bàn TP, lượng cá giống được thả từ 1 – 2 tấn/năm. Hoạt động này thu hút đông đảo sự tham gia của cán bộ, Nhân dân, người khai thác và nuôi thủy sản trên địa bàn, từ đó góp phần nâng cao ý thức, trách nhiệm trong việc chung tay bảo vệ, phát triển nguồn lợi thủy sản.