Các Phó Trưởng Ban Chỉ đạo gồm: Bà Ngô Thị Minh, Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo (Phó Trưởng Ban thường trực Ban Chỉ đạo); Thượng tướng Lương Tam Quang, Thứ trưởng Bộ Công an; bà Ngô Thị Kim Yến, Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hành, phối hợp giữa các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng trong việc chuẩn bị và tổ chức Đại hội Thể thao học sinh Đông Nam Á lần thứ 13 năm 2023 tại Việt Nam (Đại hội); đôn đốc việc thực hiện các chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
Quyết định thành lập Ban Tổ chức Đại hội ở trung ương do Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo làm Trưởng ban; quyết định kế hoạch, chương trình công tác của Ban Tổ chức và các tiểu ban thuộc Ban Tổ chức Đại hội và thực hiện chế độ thông tin, báo cáo Thủ tướng Chính phủ định kỳ hoặc đột xuất về hoạt động của Ban Chỉ đạo và quá trình chuẩn bị tổ chức Đại hội.
Các thành viên Ban Chỉ đạo làm việc theo quy chế kiêm nhiệm. Trưởng Ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ và phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên Ban Chỉ đạo theo chức năng, nhiệm vụ được giao; ban hành Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo.
Ban Chỉ đạo sử dụng con dấu của Bộ Giáo dục và Đào tạo; tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ chuẩn bị và tổ chức Đại hội. Cùng với đó, Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, có trách nhiệm đảm bảo các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo; quyết định và tổ chức triển khai kế hoạch tổng thể chuẩn bị và tổ chức Đại hội.