Cục Quản lý Đường cao tốc được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ ngày 21/10/2013, có chức năng tham mưu cho Tổng cục trưởng thực thi nhiệm vụ quản lý nhà nước chuyên ngành về đường bộ cao tốc. Cụ thể là xây dựng tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật; Tham mưu xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển mạng lưới đường bộ cao tốc; Tham mưu chính sách huy động các nguồn vốn đầu tư, quản lý các dự án đầu tư xây dựng; quản lý khai thác hệ thống đường bộ ... Thực hiện chức năng của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với các dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc theo hình thức hợp đồng BOT, BTO, BT và các hình thức đầu tư PPP khác theo phân cấp, ủy quyền của Bộ Giao thông vận tải...
Ngoài ra, Cục sẽ xây dựng kế hoạch bảo trì các tuyến đường bộ cao tốc, chủ trì xây dựng giá sản phẩm, dịch vụ công ích về quản lý, bảo trì và khai thác đường bộ cao tốc trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt và thực hiện nhiều chức năng khác...
