Theo nhiệm vụ, Bộ Công Thương là cơ quan chủ trì thực hiện các nội dung về: Các điều khoản ban đầu và các định nghĩa chung; thương mại dịch vụ xuyên biên giới; chính sách cạnh tranh; hợp tác và nâng cao năng lực; nâng cao sức cạnh tranh và thuận lợi hóa hoạt động kinh doanh; quy tắc xuất xứ và các thủ tục chứng nhận xuất xứ; phòng vệ thương mại; nhập cảnh tạm thời cho khách kinh doanh...

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm về nội dung các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật.

Nội dung quản lý hải quan và tạo thuận lợi thương mại do Bộ Tài chính chủ trì. Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng chủ trì các nội dung liên quan tới thuế, bảo hiểm và chứng khoán...

Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các Bộ, cơ quan đầu mối cụ thể hóa các nhiệm vụ, quyền hạn và cơ chế tổ chức hoạt động của các cơ quan đầu mối được chỉ định; kịp thời báo cáo Thủ tướng Chính phủ những thay đổi trong quá trình triển khai thực hiện, bảo đảm tính liên tục của Hiệp định.